В IX—XI веках в Мавераннахре важную роль в духовной жизни играла религия. В этот период ислам, широко распространившийся на Востоке, стал мировой религией. Народы Мавераннахра, в результате арабских завоеваний обращенные в ислам, были вынуждены следовать требованиям шариата, изучать арабский язык и письменность. Соборные мечети и молельни выполняли роль учебных заведений, где наставниками и преподавателями были имамы. Но нужно обратить внимание на то, что для населения Мавераннахра понадобилось почти полтора столетия, то есть жизнь пяти поколений, прежде чем арабский язык стал действительно языком науки и государства и появились ученые и мыслители, создававшие на этом языке свои труды. Именно в этот период наряду с такими учеными, как Абу Наср Фараби, Ахмад аль-Фергани, Муса аль-Хорезми, Абу Райхан аль-Беруни, Абу Абдуллах аль-Хорезми, Ибн Сина появились и корифеи ислама имам аль-Бухари, Иса Термези, Наджм ад-дин Кубра, Бурхан ад-дин Маргинани, Абу Мансур Матуриди и многие другие, внесшие весомый вклад в исламское учение.

После освобождения от власти халифата в Мавераннахре и Хорасане и возникновения государств Саманидов, Караханидов, Сельджукидов и хорезмшахов усилилось внимание к исламскому образованию, шариату, науке и просвещению. В центральных городах были построены крупные соборные мечети и медресе. Как стало известно из источников, первое медресе Фаржак появилось в X веке в Бухаре, вблизи рынка Кавушдузон (обувщиков). В XII веке в махалле Дарваза города Бухары было построено специализированное медресе для правоведов. В этих высших учебных заведениях можно было получить традиционное исламское образование, включающее основательное знание Корана, хадисов и арабского языка. Для углубленного изучения ислама главными источниками считались тафсир — комментарии к Корану и фикх — наука исламского правоведения, трактовавшая требования шариата. В этот период большим авторитетом пользовался тафсир в 14 томах, написанный на арабском языке Абу Джафаром Табари. По указу Саманида Мансура ибн Нуха в 962 году тафсир Табари был переведен с арабского языка на персидский.

Бухара стала центром развития и пропаганды учения ислама. В бухарских медресе учились многие известные ученые — правоведы, судьи и имамы, в том числе такой известный правовед, как Абу Хафс Кабир Бухари. Как отмечает Наршахи, благодаря именно таким людям Бухара заслужила название Куббат ал-ислам "Купол ислама". Власть имущие использовали ислам в качестве идеологического оружия. Велась беспощадная борьба с любыми отголосками зороастризма. Усиливалось угнетение трудящихся, преследовалось любое проявление свободомыслия. Ухудшились их жизненные условия, что не могло не вызвать недовольства, протеста. Этим настроениям соответствовало мистическое религиозное течение суфизм, в котором люди искали правду и успокоение.