В конце 50-х годов XIV в. в Мавераннахре усилились междоусобья. Анархия и беспорядки усугубились. В 1358 году в результате заговора был убит верховный эмир Мавераннахра Казаган. В стране началась борьба за власть. По словам Йезди, "из беков претендовали на власть все, кто сколько-нибудь обладал силой". В обстановке смуты и хаоса, царивших в Мавераннахре, хан Моголистана Туглук Темур решил вновь овладеть западной частью улуса Чигатая, воспользовавшись благоприятным моментом. С этой целью в 1360—1361 годах он дважды нападал на Мавераннахр.

Однако эмиры Мавераннахра, вместо того чтобы объединиться и дать отпор захватчику, перешли на сторону неприятеля, а несогласные с этим покинули пределы страны. Таким образом, Туглук Темур без особого сопротивления достиг Кашкадарьи. Правитель Кеша эмир Хаджибарлас бежал в Хорасан. Учитывая превосходство вооруженных сил Туглука Темура, двадцатичетырехлетний Амир Темур, единственный из эмиров Мавераннахра, пошел на переговоры с ханом Моголистана и поступил к нему на службу. По приказу хана, он был назначен даругой (правителем) Кешской области. Своим поступком Амир Темур сумел предотвратить кровопролитие в Кеше.

Амир Темур недолго состоял на службе у Туглук Темура. Когда хан назначил верховным эмиром Мавераннахра своего сына Ильяс Ходжу, Темур не пожелал служить этому принцу. Его дальнейшее пребывание в Самарканде стало опасным, и он был вынужден покинуть город. Договорившись с правителем Балха эмиром Хусайном, враждовавшим с Туглук Темуром, Амир Темур вступил в упорную борьбу против монголов.

В 1362—1363 годах Амир Темур и эмир Хусайн неоднократно предпринимали военные действия против войск Ильяс Ходжи. В конце 1364 года им удалось изгнать моголов за пределы Мавераннахра. В эти годы усилилась борьба со своевольными феодалами. Темур решил положить конец их сепаратистским устремлениям. Во время военного похода на Сеистан Темур получил тяжелые ранения в правую руку и правую ногу и до конца жизни хромал. Поэтому его часто называли Темур Ленг ("Темур хромой" по-персидски). Европейцы переделали это прозвище в "Тамерлан", под этим именем он и известен на Западе.

После смерти Туглук Темура изгнанный из Мавераннахра Ильяс Ходжа не хотел признавать своего поражения. В 1365 году с большим войском он вновь предпринял поход на Мавераннахр. Битва двух эмиров с ханом произошла 22 мая 1365 года между Ташкентом и Чиназом на берегу Чирчика. Во время сражения пошел ливневый дождь и поле боя превратилось в глиняное месиво. Это сражение в истории получило название "Джанги лой" ("Битва в грязи"). Из-за несогласованности действий Хусайн и Темур потерпели поражение, покинули поле боя и с остатками войска отступили сначала в сторону Самарканда, а затем на юг, где переправившись через Амударью, укрылись в Балхской области.

После этой победы Ильяс Ходжа беспрепятственно захватил Ходженд и Джизак и двинулся на Самарканд. Оставленный без гарнизона и военачальников, плохо укрепленный город оказался беззащитным. Оборону Самарканда взяло на себя мирное население во главе с тайным братством сарбадаров.