После завоевательного похода царских войск на Хиву и заключения Гандемянского договора территория каракалпаков, расположенная по правому берегу Амударьи, была присоединена к России. Здесь был образован Амударьинский отдел, вошедший в Сырдарьинскую область Туркестанского генерал-губернаторства. Меньшая часть каракалпаков, жившая на левобережье, осталась в составе Хивинского ханства. В Амударьинском отделе численность каракалпаков доходила до 70 тыс. человек и составляла 48,6% всего его населения.

Переселенцев из России насчитывалось около тысячи человек, и жили они в Петроалександровске (ныне Турткуль), поселке Уральский и селении Нукус. Это были уральские казаки, переселенные сюда в 1875 г. царскими властями за отказ подчиняться новому положению о службе в армии. Они занимались в основном рыболовством. В Хивинском ханстве численность каракалпаков составляла всего лишь 3,8%, т.е. около 25 тыс. человек.

Включение территорий, где жили каракалпаки, в состав Российской империи привело к усилению их гнета.