Такую же решимость как и в Ташкенте в 1892 году царские власти продемонстрировали при подавлении восстания 1898 года в Ферганской долине, вошедшего в историю как Андижанское восстание под предводительством Дукчи-ишана (Мадали-ишана).

Одной из главных причин этого восстания было усиление колониального гнета после принятия положения “Об управлении Туркестанским краем” 1886 года. По этому “Положению” в крае законодательно закреплялся колониальный режим. На основе “Положения” царские власти изъяли большое количество земель, принадлежавших коренному населению и создали земельный фонд для раздачи российским переселенцам. Увеличивались налоги, вводились поземельный налог в размере 10% от валового дохода крестьян и земский сбор в размере 35% общих податей.

Введение монокультуры хлопка в Ферганской долине привело к сокращению посевных площадей под зерновые, продовольственные культуры и пастбищ, резко выросли цены на продовольственные и другие товары.

После 1886 г. для осуществления мер, предусмотренных “Положением”, в Туркестанский край из России прибыло большое количество чиновников, которые своими действиями и пренебрежительным отношением к национальным обычаям и традициям оскорбляли национальные чувства местного населения.

В 1891 г. в Ферганскую область приехали переселенцы, размещение которых еще больше ухудшило положение и так перенаселенной долины. Несомненно, такие действия царской администрации способствовали росту недовольства местного населения и вызывали сопротивление властям.

Кроме того, царское правительство недооценило силу и влияние ислама и служителей культа в Туркестанском крае. Так, при генерал-губернаторе К.Кауфмане была отменена должность кази-каляна, а в 1876 г. он распорядился выслать кокандского верховного духовного правителя — шейх-уль-ислама и кокандского кази-каляна в Вологодскую область.

Большое недовольство духовенства вызвало объявление о ликвидации вакуфных земель, переданных в государственную собственность, и отмене закята, являвшегося одной из обязанностей каждого мусульманина.

Ряд мер царских властей наносил прямой ущерб устоям мусульманской религии и вызывал недовольство не только служителей религии, но и верующих, воспринимавших законы шариата не только как религиозные наставления, но и как образ жизни и национальную традицию.

Дукчи-ишан (Мадали-ишан) был человеком, хорошо знавшим мусульманскую религию и культуру, вел аскетический образ жизни, а после совершения хаджа в Мекку объявил себя ишаном (наставник, руководитель мусульман), собрав вокруг себя большое количество учеников. К нему приходили люди за наставлениями и советами. Он пользовался огромным влиянием во всей Ферганской области. Дукчи-ишан возглавил восстание.

17 мая 1898 г. 1500 человек во главе с ним, вооруженные шашками, кинжалами, ножами и копьями, вышли из кишлака Мингтепа и направились в Андижан. По пути к ним присоединились жители окрестных кишлаков. 18 мая повстанцы напали на казармы войск царской армии, но войска отбили атаку. Повстанцев удалось разъединить, вскоре попал в плен и Дукчи-ишан. В Фергану были стянуты войска из Сырдарьинской и Ферганской областей. Началась расправа над восставшими.

Андижанское восстание вызвало серьезную озабоченность среди царских чиновников. Чтобы не допустить в дальнейшем подобного, был отдан приказ арестовать всех участников восстания. По делу Дукчи-ишана было арестовано более 500 человек, из них 18 повешены, остальные приговорены к различным срокам заключения. Восстание было слабо подготовлено, его участники практически не были вооружены. Основную массу составлял народ, который не владел военными навыками. Кроме того, Туркестанский край в то время уже имел сеть железных дорог, связывавших все основные центры губернаторства, и царские власти могли оперативно перемещать большое количество войск в разные районы края.

Однако восстание не прошло бесследно. Оно показало населению путь к борьбе и пробудило десятки тысяч людей к активным действиям против колониализма. Уже на следующий год, 20 июня 1899 г., в Ферганской долине началось новое восстание. Туркестанский край становился одним из самых мятежных и непокорных краев Российской империи.