Введение выборной системы полностью изменило ситуацию. Если в доколониальные времена назначение на должность было результатом тщательного отбора кандидатов, признания доверия к нему у населения и его компетентности, то выборная система ослабила эти требования. Теперь все зависело от отношения кандидата к колониальной власти, тем более, что ею утверждались результаты выборов. Не всегда выборы были объективными и отражали мнение населения.

Должность казиев и биев стала выгодной и прибыльной. Они перешли в ведение колониальных властей и стали служить им. Конечно, колониальные власти не вмешивались в их деятельность, но сама выборность казиев и биев сделала их верными служителями туркестанской администрации.

В 1886 г. было принято “Положение”, которое внесло значительные изменения в судебную систему Туркестанского края. Суды казиев сохранились, но уездные суды были упразднены, а их место заняли участковые мировые судьи, которые должны были назначаться городскими и земскими управлениями. Судебные отделения областных управлений были заменены областными судами. Были введены должности судебных следователей, областных прокуроров и их товарищей (заместителей). Областные судьи решали уголовные и гражданские дела.

В 1898 г. судебная система вновь претерпела изменения. В соответствии с “Правилами применения судебных уставов к областям Туркестанского края” были ликвидированы областные суды и вместо них созданы окружные суды и Ташкентская судебная палата, которая была наделена правами главной судебной инстанцией всего Туркестанского края. Она подчинялась только верховной судебной инстанции империи — Сенату.

Окружные суды были введены в пяти областях Туркестанского края. Они состояли из председателя, его заместителя и членов суда. Меру наказания определяли судьи и два члена суда. Апелляции на их решения рассматривал Сенат, который являлся высшей судебной инстанцией в России.

Перед началом Первой мировой войны, после длительных дискуссий об их роли и значении, было принято решение об упразднении шариатских судов в Туркестанском крае. Весть об этом была встречена негативной реакцией, вызвав волну возмущения не только со стороны коренных жителей, но и тех представителей русской администрации, кто любил и знал этот край. Шариатские суды в Средней Азии продолжали действовать на тех же основаниях вплоть до падения царской власти в России.

Судебная реформа поставила всю судебную систему Туркестанского края в прямое подчинение центральным властям. Судебное делопроизводство было надежной опорой колониальной системы Российской империи в Туркестанском крае. Высшей инстанцией по юридическим вопросам Туркестанского края был Санкт-Петербург.