С осени 1929 г. в СССР начала насильственно осуществляться сплошная коллективизация. В Узбекистане было установлено 17 районов сплошной коллективизации, вопреки воле основной массы дехканства.

Процесс проведения коллективизации повсеместно сопровождался грубейшими нарушениями законности. Случалось, что инструкторы по коллективизации на собраниях в кишлаках угрожали не вступившим в колхозы лишить их воды, дать худшие земли, снять со снабжения промтоварами, обложить увеличенным налогом и даже выселить за пределы кишлака, области Узбекистана. В результате такого насилия коллективизация в ряде районов была, завершена в течение нескольких недель. Колхозник становился бесправным человеком, своего рода "крепостным", он был, фактически, лишен не только собственности, но и становился полностью зависим от государства (колхозники в тот период не имели даже паспортов).

Проведение коллективизации сопровождалось раскулачиванием, т.е. насильственной конфискацией у крепких хозяйств, отнесенных к кулакам, имущества и построек. Раскулачивание, развернувшись в Узбекистане с февраля 1930 г., сопровождалось грубейшими нарушениями прав человека. Основанием для определения кулацких хозяйств послужили списки зажиточных дехкан, индивидуально облагавшихся сельхозналогом. Эти списки составлялись финансовыми органами и нередко расширялись за счет середняков и бедняков. В результате только в 1930 г. в Узбекистане было ликвидировано 2 648 так называемых кулацко-байских хозяйств. Все это вызывало неуверенность и тревогу у дехкан. Значительное число раскулаченных лиц были переселены за пределы Узбекистана, главным образом, в Сибирь и на Украину. Многие были подвергнуты репрессиям, направлены в лагеря. Некоторые бежали, бросив свои хозяйства на произвол судьбы, забивали и продавали скот. Поголовье крупного рогатого скота по Узбекистану в 1930 г, уменьшилось более чем на 60 тысяч.

Проведенные мероприятия обострили политическую обстановку в республике. Нарастало недовольство дехкан, которое в ряде районов вылилось в массовые выступления. 25 февраля 1930 г. выступления протеста начались в ряде районов Ферганского округа. Затем перекинулись на районы Андижанского и некоторые районы Бухарского, Ташкентского, Хорезмского и Самаркандского округов.

Центр, опасаясь, что ситуация может выйти из-под контроля, предпринял ряд лицемерных шагов, направленных на снижение напряженности. Была проведена кампания осуждения перегибов, причем вся ответственность за них перекладывалась на местных руководителей. Однако, это не означало смену политической линии, а было лишь призвано снять напряженность. Коллективизацию продолжали осуществлять.

Официально коллективизация сельского хозяйства в Узбекистане была завершена в 1932 г. К этому времени общественный сектор объединил около 75% дехканских хозяйств. В колхозах отсутствовала правильная организация труда, не было условий для ведения крупного животноводческого хозяйства, снижены стимулы и заинтересованность в результатах труда. Все это привело к снижению урожайности и объемов производства сельскохозяйственной продукции. Кроме того, 1932 год был неурожайным в зерновых районах России и Украины. В результате разразился страшный голод, унесший миллионы жизни. Однако, процесс насильственной коллективизации продолжался и к 1939 г. в общественный сектор было включено уже 99,5% дехканских хозяйств Узбекистана. Крупное общественное производство стало практически единственной формой организации сельского хозяйства.

Таким образом, силовое насаждение коммунистического аграрного строя серьезно подорвало сельское хозяйство Узбекистана. Вследствие губительных большевистских экспериментов оказались разрушены экономические связи между городом и селом, упала урожайность, снизилось поголовье скота, форсированно шел процесс развития монокультуры хлопка.

В итоге ориентированной на интересы империи индустриализации, губительной для дехканина коллективизации, Узбекистан превратился в крупный сырьевой регион, крупнейшего производителя и поставщика сельскохозяйственного и минерального сырья для промышленных регионов бывшего Союза. Он поставлял хлопковое волокно, шелк-сырец, продукты овощеводства, виноградарства, серу, озокерит, некоторые металлы.