С нарастанием и усложнением последствий человеческой деятельности усугубилась экологическая проблема, приобрела невиданную прежде остроту. В республике сложилась тревожная экологическая обстановка. Ситуация в районе Аральского моря почти вышла из-под контроля человека. До 1960 года усыхания моря практически не было, но когда воду стали брать для полива все больших и больших территорий, наполнения водохранилищ, оно стало мелеть и умирать. Исчезли мелководные заливы, появились новые острова. Концентрация солей в воде сильно увеличилась. Площадь моря сократилась почти вдвое. Уровень воды понизился на 13 метров, усилились солевые бури. В эти годы воды Сырдарьи и Амударьи накапливались в водохранилищах, построенных как на территории Узбекистана, так и на территории соседних среднеазиатских республик. Все маневры с водой были подчинены цели - обслуживанию монокультуры хлопка. Предполагалось водный баланс восполнить за счет сибирских рек, Оби и Енисея. Именно это обещание центра, которое он потом не выполнил, стало основой для направления вод на массовое освоение целинных земель.

Сегодня проблемами Арала занимаются экологи всего мира, и, быть может, общими усилиями удастся разрешить эту проблему и восстановить былую мощь Аральского моря.

Основная причина возрастающего экологического неблагополучия - это нерациональная хозяйственная деятельность человека. Прежде всего связано это было с ошибками в размещении многих отраслей и предприятий, гигантоманией в строительстве, диктатом центра. Сращивание аппарата государственной власти и хозяйственного управления привело к деформации целей производства, усилению чисто потребительского отношения к природным ресурсам, снижению внимания к человеку и среде его обитания.

Промышленные предприятия, загрязняющие атмосферный воздух над территорией Средней Азии расположены, как правило, в густонаселенных местах. Например, завод "Капролактам" в г.Чирчике, химический завод в г.Коканде, цементный завод в Ахангаране, целый ряд промышленных предприятий в Фергане, завод "Навоиазот" в г.Навои, металлургический завод в г.Бекабаде и т.д.

Причем, нередко вредные выбросы промышленных предприятий одной республики влияют на качество атмосферы в другой. Например, построенный в г.Турсунзода (Таджикистан) алюминиевый завод загрязнял атмосферу Сурхандарьинской области выбросами фтора, концентрация которого превышала норму в 5 раз.

Узбекистан занимал первое место по применению химических удобрений (по бывшему СССР), одно из первых мест в мире по применению пестицидов. Огромные площади земли умирали, потеряв свое плодородие. Эти поля нуждались в отдыхе, в восстановлении. Но республика должна была давать хлопок бесперебойно, все больше и больше. Весь прирост земель шел на компенсацию погубленных засоленных, эрозированных площадей, выведенных из оборота хищническим использованием.

В бедственном положении оказался и человек. Выросло число аллергических, онкологических, инфекционных заболеваний.