Период войны был омрачен и репрессиями, проводимыми режимом против целых народов. Эти действия мотивировались как наказание за предательство отдельных лиц и групп во время фашистской оккупации, как защиту безопасности страны. В 1943 -1944 гг. целые народы были лишены права на свою государственность, депортированы с их исторической родины. В Узбекистан было переселено более 150 тысяч крымских татар, 175 тысяч чеченцев, 157 тысяч ингушей, 4,5 тысячи балкарцев, армян и греков, турков-месхетинцев. Население республики, проявляя гуманизм и сострадание, оказывало поддержку насильственно депортированным лицам.

После войны против фашизма в Узбекистане, как и в других республиках, началась новая волна террора. Но, если репрессии 30-х годов были направлены против партийных, государственных, хозяйственных и военных кадров, то репрессии 40-50-х годов были направлены против деятелей культуры и науки. ЦК правящей партии бывшего Союза в августе 1946 года принял постановление “О журналах “Звезда» и “Ленинград”, а в 1948 году постановление “Об опере” Великая дружба”. В этих постановлениях шла речь “о фашистском гнете, о влиянии фашистской идеологии на завоеванных территориях”. И в результате этого, в прессе, искусстве и литературе проявился уход от политики, деидеологизация, искажение жизненной правды, отступления от реалистических традиций, безнадежность, неверие в будущее, и безосновательно обвинялись некоторые талантливые творческие кадры. Во время выполнения постановлений партии по вопросам литературы и искусства в прессе и творческих организациях были допущены некоторые ошибки и нарушения: творческое обсуждение литературных проблем подменялось административными методами, во время оценки произведений кино, литературы и музыки иногда некоторые произведения безосновательно критиковались, а в адрес некоторых раздавалось слишком много похвалы.

Эти постановления и решения на местах на много лет приостановили развитие идеологии, в том числе творчества, демократическое развитие литературы и искусства. Отрицательное влияние этих постановлений в Узбекистане и его партийных организациях сказалось очень быстро. На всех заседаниях Бюро ЦК Узкомпартии в конце 40-х и в начале 50-х годов, на Х пленуме ЦК, проходившем в 1952 году, под маской борьбы против национализма началась борьба против культурного наследия и известных деятелей, которые творили в сфере литературы и науки. Многие писатели, ученые партийные и государственные деятели были обвинены в национализме. В постановлениях сильно критиковалось творчество А. Каххора, Х. Гуляма, А. Каюмова, М. Шайхзоде, Айбека, Миртемира, Туйгуна, М. Бобоева, У. Рашидова, Шукрулло, С. Ахмада.

Особой критики удостоился журнал “Шарк юлдузи”, редактором которого был Айбек. Его обвинили в космополитизме, аполитичности, в печатании произведений, которые призывали к беспорядкам.

В постановлении бюро УзКП/б/ от 8 апреля 1951 года “О положении музыкального искусства в УзССР и мерах для его развития” было сказано о том, что музыкальное искусство удалилось от жизни, что оно не служит воспитанию узбекского народа в духе строительства нового общества. Запрещалась широкая пропаганда классической и национальной музыки, макомов, оперных, балетных и музыкально драматических пьес, как “Фархад и Ширин”, “Лейли и Меджнун”, “Тахир и Зухра”, “Алпамыш”, “Гуландом” и другие. Началась широкая компания в прессе против националистов, космополитов, пантюркистов. 10 августа 1951 года в республиканских средствах массовой информации вышла статья под названием “Идеологические нарушения в творчестве некоторых поэтов”, где резко критиковалось творчество Т. Тулы, Камтара Отабоева, Миртемира, А. Бобажанова, С. Абдуллы, Хабибий. В статье, опубликованной 24 августа под названием “В стороне от задач узбекской советской литературы”, обвинялись “в идеологических ошибках и разложении” некоторые научные сотрудники института литературы и языка им. А.С. Пушкина Айбек, Х. Зарипов, Х. Ёкубов, И. Султон и др.

Группа писателей и поэтов - М. Шайхзаде, Шукрулло, Юсупов, Г. Алимов и другие, в 1951 году были арестованы с обвинением в “национализме против советской власти”, и в 1952 году были приговорены к тюремному заключению сроком на 25 лет. В репрессиях 50-х годов большую роль сыграл Х пленум ЦК Узкомпартии, состоявшийся 21-22 февраля 1952 года. В докладе под названием “Положение идеологической работы в республике и о мерах для ее улучшения” первого секретаря А. Ниязова подчеркивалось: “В последние два года была раскрыта группа литературных сотрудников, настроенных пронационалистски и против советского режима. Эта группа вела вражескую работу против Советской власти. Члены этой группировки имели связь с националистами, которые раньше привлекались к ответственности, писали идеологически не соответствующие нашим идеалам произведения, идеализировали и распространяли произведения националистов написанные против советской власти”.

На пленуме необоснованно обвинили и ученых - общественников. Например, философа В. Зохидова обвинили в том, что он “буржуазный националист”, историка А. Бобохужаева в “пропаганде пантюркизма”, экономиста А.Аминова “в связи с буржуазными националистами ”.

В начале 50-х годов еще около 60 человек из числа видных ученых, писателей, деятелей культуры обвинили в национализме, контрреволюционной деятельности и в других грехах и попытались подвести под уголовную ответственность. Дорого обошлись эти попытки сведения счетов с неугодными властям людьми, дорогими для нашего народа. Но истина восторжествовала. В 1956 году многие деятели культуры и науки, несправедливо репрессированные были полностью оправданы: Все отправленные в ссылку в начале 40-х годов были освобождены.

Надо отметить, что бывший СССР с самого начала образовался с помощью силы и удерживался с помощью силы. Все республики входили в этот союз принудительно и были недовольны таким союзом, в котором не учитывались мнения, интересы, ценности народа и наций. Несмотря на имеющийся в Конституции пункт о возможность выхода республик из этого союза, союзный центр с помощью силы их удерживал.

Все проблемы, накопленные в годы советской власти вышли наружу в середине 80-х годов.

Сотрудники прокуратуры СССР во главе с Т. Гдляном и В. Ивановым с помощью Центра сфабриковали “узбекское дело”, “хлопковое дело”, дело “узбекской мафии” и другие. Узбекский народ был обвинен в очковтирательстве, мздоимстве, приписках и в других грехах. Только по одному сфабрикованному, высосанному из пальца “хлопковому делу” около 25 тысяч жителей республики были заключены в тюрьмы без суда и следствия.

Преследованию подвергалась даже культурная и духовная жизнь узбекского народа. Тех, кто проводил свадьбы по национальным обычаям, обвиняли в пропаганде старины. Тех руководителей, кто участвовал в похоронах и читал или слушал молитву во время этих похорон, обвиняли в пособничестве религии.

С помощью спецслужб и преступных элементов в Ферганской долине летом 1989 года были организованы межнациональные стычки между узбекским народом и турками месхетинцами. В Куве, Маргилане, Фергане, Коканде, Намангане, Андижане и потом в Буке, Паркенте, Гулистане пролилась кровь невинных людей. Всех участников тех происшествий с узбекской стороны в этих статьях называли экстремистами, террористами, напичканными алкоголем и наркотиками. Хотя факты доказывают обратное, что именно узбекский народ стал жертвой грязных махинаций партийных функционеров и спецслужб.

С избранием И. Каримова первым секретарем ЦК компартии Узбекистана начались серьезные изменения в социально-политической сфере жизни населения Узбекистана. С самого начала своей политической деятельности И. Каримов проводил политику руководителя равноправной союзной республики, которая занимает принципиальную позицию.

С приходом И. Каримова к власти Узбекистан начал твердо шагать по пути политической и экономической независимости. Были пересмотрены “хлопковое” дело, получили правильную оценку межнациональные отношения, стала восстанавливаться справедливость.

В память жертв репрессий в Узбекистане был создан комплекс “Хотира”, где увековечены имена погибших в борьбе за независимость узбекского народа.