Система управления в Узбекистане была подвергнута коренному реформированию. Была создана новая система управления, позволяющая осуществить переход к рыночной экономике и внедрить рыночные отношения. От механизма централизованного перераспределения перешли к рыночному механизму, от жесткой ведомственности и административного бюрократизма - к управлению и самоуправлению через экономические факторы.

Был ликвидирован ряд государственных комитетов и министерств, составлявших основу административно-бюрократической системы.

Вместо Государственного планового комитета было образовано Министерство макроэкономики, которое занимается анализом, оценкой, разработкой предложений по реформированию экономики и определением будущего общественно-экономического развития Узбекистана.

Был ликвидирован Государственный комитет по снабжению, который являлся монополистом в области распределениями создано Республиканское акционерное объединение оптовой и биржевой торговли. В состав объединения вошли Республиканская акционерная товарно-сырьевая биржа, акционерный биржевой банк, акционерные коммерческие посреднические компании. Объединение обеспечивает создание на рынке товарных ресурсов равных возможностей для товаропроизводителей, потребителей и предпринимателей, оказывает им коммерческо-посреднические, торговые и маркетинговые услуги.

Был ликвидирован Государственный комитет цен, и в составе Министерства финансов создано специальное управление, осуществляющее работу по контролю за ценами, недопущению монополии при их назначении, по формированию конкурентной среды.

В республике в корне изменились финансовая и банковская системы. Министерство финансов, наряду с формированием республиканского бюджета, определяет государственную налоговую и финансовую политику. В банковской системе были ликвидированы Государственный банк и его подразделения и созданы Центральный банк, Национальный банк внешнеэкономической деятельности, специализированные акционерно-коммерческие банки - «Узсаноаткурилишбанк», «Пахтабанк», «Узжамгармабанк», «Галлабанк», «Тадбиркорбанк», «Савдогарбанк», частные и другие банки. Повысились самостоятельность и ответственность банков за состояние денежного обращения.

Была упорядочена система государственного контроля: созданы Государственный налоговый и Таможенный комитеты, ликвидированы Государственный комитет контроля и его органы на местах, взамен которых образованы инспекция по контролю при Аппарате Президента и соответствующие инспекции в хокимиятах.

Как воплощение государственного суверенитета были образованы Министерство иностранных дел, Министерство обороны, Министерство внутренних дел, Служба национальной безопасности, Высшая аттестационная комиссия и другие правительственные органы.

В целях углубления и координации реформ при Президенте был создан межведомственный Совет по экономической реформе, предпринимательству и иностранным инвестициям. Был сформирован Государственный комитет по управлению государственным имуществом и поддержке предпринимательства, который разработал программы по отчуждению и приватизации государственного имущества. Под его контролем создаются инвестиционные фонды, фондовые биржи, биржи недвижимости, аудиторские службы и другие рыночные структуры.

В целях налаживания отношений Узбекистана с зарубежными странами впервые в истории республики образовано Министерство внешнеэкономических связей, которое организует работу по анализу международного рынка товаров и услуг, разработке стратегии в сфере внешнеэкономической деятельности, осуществлению в централизованном порядке экспортно-импортных операций. В министерствах, ведомствах, на предприятиях были созданы отделы, организации, фирмы, осуществляющие внешнеэкономическую деятельность. В республике сформировалась единая система внешних сношений.

Отраслевые министерства Узбекистана по производству и транспорту были преобразованы в самоокупаемые объединения, концерны, корпорации и другие хозяйственные объединения. Была заново создана система управления в области автомобильного транспорта и строительства.

В корне изменились структура, деятельность и методы работы министерств высшего и среднего специального образования, народного образования, здравоохранения, Министерства по делам культуры.

В системах туризма, транспорта, культуры, кино, телевидения, радио и других, имеющих общенациональное значение, были созданы экономически самостоятельные национальные компании.

Таким образом, со времени обретения независимости за короткий исторический период была создана правовая основа государства, сформированы новые органы власти, сложилась общественно-политическая система открытого типа.