Двустороннее сотрудничество Узбекистана и Киргизии осуществляется на основе Договора о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи между Республикой Узбекистан и Республикой Киргизия. Этот договор был подписан А. Акаевым и И. Каримовым 29 сентября 1992 г. в Ташкенте во время официального государственного визита в Узбекистан Президента Киргизии А. Акаева.

Во время официального государственного визита И. Каримова в Киргизию в августе 1993 г. в городе Ош было подписано Заявление об экономической интеграции между Узбекистаном и Киргизией на 1994—2000 гг. Этот документ был направлен на координирование национальных программ обеих республик, производительное использование сырья и рабочей силы, научного потенциала. Были подписаны соглашения об укреплении сотрудничества между двумя государствами в сфере экономики, торговли, культуры, здравоохранении, науки и техники, спорта и туризма.

16 января 1994 г. Президент Узбекистана И. Каримов побывал в Киргизии. По итогам официального визита президенты двух стран подписали договор, определяющий свободное движение товаров, услуг, инвестиции, рабочей силы, проведение взаиморасчетов, бюджетной, налоговой, оценочной, таможенной и валютной политики.

Было принято соглашение о гармонизации экономических потенциалов Узбекистана и Киргизии. В результате этого был отменен таможенный досмотр грузов граждан при переходе совместных границ, уменьшены налоги и устранены другие ограничения. Банки двух стран договорились об открытии клиринг-палат, их филиалов, пунктов по обмену валют.

Между Узбекистаном и Киргизией были подписаны соглашения на 1994 год о дальнейшем укреплении торгово-экономических связей, сотрудничества в области культуры, здравоохранения, науки и образования, спорта и туризма. На основе этих документов развивается двустороннее сотрудничество между двумя странами. В 2000 г. в Узбекистане функционировали 22 узбекско-киргизских, в Киргизии - 62 киргизско-узбекских совместных предприятия.