Вместе с многосторонними отношениями между независимыми государствами Центральной Азии налаживались и двусторонние.

Двусторонние отношения Узбекистана с Казахстаном укрепляются на основе Договора о дружбе и сотрудничестве между Республикой Узбекистан и Республикой Казахстан, подписанного в городе Туркестане 24 июня 1992 г. Н. Назарбаевым и И. Каримовым во время официального государственного визита в Казахстан Президента Узбекистана.

10 ноября 1993 г. И. Каримов посетил город Алматы. Президенты Узбекистана и Казахстана обсудили вопросы, касающиеся интеграционных связей двух стран и экономической политики. Была достигнута договоренность о путях и методах осуществления взаимных инвестиций, о создании совместных предприятий, использовании высоких технологий.

Стороны обсудили вопрос о денежной системе и договорились одновременно ввести национальную валюту. Обе стороны пришли к единому мнению по принципиальным вопросам совместного укрепления денежной системы, Подтвердив необходимость формирования системы свободного обмена денег населением обеих стран, их руководители дали конкретные указания своим правительствам и банкам об осуществлении практических мер по межбанковским расчетам, свободной торговле, деятельности таможни. Между двумя государствами были подписаны соглашения о торговле и экономическом сотрудничестве. Между Узбекистаном и Казахстаном были налажены связи по экономической интеграции, инвестиционному взаимообмену, по созданию совместных предприятий и использованию высоких технологий.

Президент Казахстана Н. Назарбаев 10-12 ноября 1994 г. побывал с официальным государственным визитом в Узбекистане. Два президента подписали договор, предусматривающий свободное продвижение между Узбекистаном и Казахстаном товаров, инвестиций и рабочей силы, а также обеспечение взаиморасчетов и проведение единой бюджетной, налоговой, оценочной, таможенной и валютной политики. Было принято постановление об отмене таможенного контроля грузов граждан обеих стран при пересечении совместных границ.

Между правительствами и банками двух стран были оформлены соглашения об открытии клиринг-палат: Национальным банком Узбекистана в Ташкенте - «Узбекистан - Казахстан», Национальным банком Казахстана в Алматы - «Казахстан - Узбекистан» и их филиалов в городах, а также пунктов по обмену валют. 31 октября 1998 г. был подписан Договор о вечной дружбе между Узбекистаном и Казахстаном. Таким образом, сотрудничество между Узбекистаном и Казахстаном все более расширяется и углубляется. Встреча президентов Узбекистана и Казахстана, состоявшаяся 20-21 апреля 2000 г. в Ташкенте, была посвящена уточнению границ двух государств. По итогам переговоров было подписано «Совместное заявление Президента Республики Узбекистан И. Каримова и Президента Республики Казахстан Н. Назарбаева». Этот документ, направленный на обеспечение независимости и неприкосновенности границ, имеет особое значение в дальнейшем укреплении и углублении двустороннего сотрудничества. «Руководители государств, - говорится в Совместном заявлении, - солидарны в том, что граница между Республикой Узбекистан и Республикой Казахстан станет границей мира, дружбы и добрососедства, соединяющей братские народы двух государств».

16-17 ноября 2001 г. Президент Узбекистана И. Каримов побывал с официальным визитом в Казахстане. Президенты двух стран подписали Договор о государственной границе между Узбекистаном и Казахстаном. Было помечено 96 процентов границы длиной 2 440 км и согласовано проведение делимитации оставшейся части на договорной основе. В течение 10 месяцев в этой области были осуществлены соответствующие меры. 9 сентября 2002 г. И. Каримов побывал по приглашению Президента Республики Казахстан Н. Назарбаева в городе Астана, где было подписано Соглашение об отдельных участках государственной границы между Узбекистаном и Казахстаном. Так актуальные вопросы о границах между двумя странами нашли свое правовое решение. Объем товарообмена между двумя странами в первой половине 2002 г. составил 124 млн. долл. США. В Узбекистане функционирует 38 узбекско-казахских, в Казахстане - 92 казахско-узбекских совместных предприятия.