Чтобы держать в повиновении завоёванные страны, Ахемениды разделили все государство на отдельные области — сатрапии. Это название происходит от персидского слова «хшатра» — область.

Правителю сатрапии — сатрапу — была предоставлена неограниченная власть. Большинство сатрапов были представителями династии Ахеменидов. Каждый сатрап был также военачальником и подчинялся лишь царю. Объединённое войско возглавлял сам царь.

Завоёванные им области Средней Азии были разделены на три сатрапии, которые объединяли бактрийцев и эглов, саков и каспиев, парфян, согдийцев и хорезмийцев. Каждая сатрапия обязана была платить ежегодный налог. Кроме этого, завоёванные народы несли трудовую повинность на строительстве дворцов и храмов. Налоги платили серебром, поголовьем скота (кони, верблюды, овцы), ремесленными изделиями (керамика, оружие, украшения), одеждой и шкурами животных.

Во время правления Дария I и его преемника Ксеркса (486—465 гг. до н. э.) среднеазиатские народы из завоёванных областей принимали участие в греко-персидских войнах. Во время знаменитого Марафонского сражения (490 г. до н. э.) отличились саки, которые успешно сражались в центре персидского войска.

Геродот подробно описывает вооружение среднеазиатских воинов, выступивших в поход против греков под предводительством Ксеркса. Бактрийцы были вооружены луками и копьями, саки — кинжалами и боевыми топорами, хорезмийцы и согдийцы выступили в поход в том же вооружении, что и бактрийцы. Сакская и бактрийская конницы считались одними из лучших в армии Ксеркса.

Выдающийся древнегреческий драматург Эсхил в трагедии «Персы» упоминает молодых воинов-бактрийцев, погибших в знаменитом морском сражении у Саламина.

Владычество Ахеменидов над народами Средней Азии продолжалось более двух столетий.