Одной из характерных черт эпохи Саманидов в IX-X вв. является развитие в Мавераннахре мусульманской идеологии. В этом деле большая заслуга принадлежит ученым-теологам ислама. Благодаря им столица государства — Бухара превратилась в один из центров ислама на Востоке. Здесь был построен ряд выдающихся мечетей, в том числе соборная мечеть Бухары, ханака — приюты для странствующих суфиев, намазгох — специальная мечеть для праздничной молитвы. К этому времени относится и строительство первого духовного учебного заведения — медресе в Бухаре. Одно из самых ранних медресе Бухары располагалось в махалле Дарвазаи Мансур, недалеко от эмирских бань.

Исламской идеологии, считавшейся основой духовной жизни государства, покровительствовали известные ученые-теологи, или устоды (наставники). Позже их стали называть шейх ул-исламами. Саманиды придавали большое значение идеологии ислама. Для строительства соборной мечети, медресе и ханака отводились лучшие места в городе, выделялись крупные средства. Расширялись площади земель, принадлежащих религиозным учреждениям, появилась еще одна новая форма землевладения — вакуф.

Например, все поливные земли, прилегающие к селению Афшана, были переданы эмиром Исмаилом учащимся бухарского медресе в вакуф. Доходы с этих земель шли на жалованье не только слушателям медресе, но и преподавателям — мударрисам. Земли, прилегающие к Регистану и известные под названием Даштак, эмир передал в вакуф бухарской соборной мечети. Эти земли были куплены им у некоего арабского военачальника Хасана ибн Мухаммада Талута за 10 тысяч дирхемов. Несомненно, в результате таких государственных мероприятий площади вакуфных земель увеличивались, укреплялось хозяйство духовных учреждений.