В целях укрепления власти в Мавераннахре Шахрух, прежде всего, начал постепенно отстранять от правления своих племянников, заменяя их сыновьями и верными людьми. Началась борьба Шахруха с потомством его старших братьев Джахангира, Омар-Шейха и Мираншаха. Особенно ожесточенные войны велись с сыновьями Омар-Шейха. Молодой Улугбек, например, дважды выступил в поход против мирзы Ахмада, управлявшего Ферганой.

За это время вожди туркменской династии Кара-Коюнлу успели отвоевать назад территории, которыми они владели до походов Темура, и даже значительно расширить свое государство. В борьбе с туркменами Кара-Коюнлу погиб в 1408 году Мираншах. Шахрух совершил против государства Кара-Коюнлу три похода, но, не добившись решительной победы, вынужден был заключить мир и отказаться от контроля над Азербайджаном.

Таким образом, к началу 20-х годов XV века наследство Амира Темура было сосредоточено в руках Шахруха и его потомства. Улугбек правил в Самарканде, Ибрахим Султан — в Ширазе, Суюргатмыш — в Кабуле, Газне и Кандагаре.