Хотя население Мавераннахра и освободилось от монгольского ига, однако в стране еще не было стабильности. Не успокоились некоторые мятежные эмиры, не признававшие законности правления Амира Темура. С ними Темур вел беспощадную борьбу. Весной 1371 года был устранен правитель Шибиргана Зинда Чашм, поднявший мятеж против Темура. Затем был казнен правитель Хутталяна Кайхосров — крупный военачальник, подстрекавший против Темура правителя Хорезма Хусайна Суфи.

С другой стороны, северная и восточная границы государства постоянно подвергались нападениям из Моголистана и Белой Орды. Особенно от этого страдало население Восточной Ферганы, Отрара, Ясс (Туркестан) и Сайрама. В 1370—1377 годах правитель Моголистана эмир Камар ад-дин несколько раз нападал на Ташкент и Андижан. А в 1376 ему удалось захватить большую часть Ферганской долины, разорить города и кишлаки.

Это обстоятельство вынудило Амира Темура предпринять один за другим ряд походов в Моголистан. Совершив за двадцать лет семь походов, он победил правителей Камар ад-дина и Анка Туру. Таким образом, в 70—80-х годах XIV века Амир Темур усмирил мятежи и несколько расширил восточные пределы страны и обезопасил их границы.