После разгрома Бухары Чингизхан двинулся на Самарканд. В марте 1220 года
монгольские отряды уже стояли у стен Самарканда. Хорезмшах в своих планах
придавал обороне Самарканда особое значение. Укрепления города были
отремонтированы, гарнизон усилен. Общая численность его была доведена до 110
тысяч человек — 60 тысяч воинов и 50 тысяч ополченцев. В самаркандском отряде
было 20 боевых слонов. Командовал войсками Тугайхан, брат Туркан хатун — матери
хорезмшаха. Хотя среди защитников Самарканда не было единства и сплоченности,
горожане все же верили в победу над врагом.
Чингизхан предполагал, что битва за Самарканд будет жестокой. Поэтому он
приказал сконцентрировать войска в одном месте. Монголы пригнали для осады много
пленных из Бухары и из Отрара, только что уничтоженного сыновьями Чингизхана.
Все укрепления вокруг Самарканда были уничтожены. Чингизхан лично руководил
осадой, находясь в загородном дворце Кок-сарай. Три дня продолжались жестокие
бои. Тысяча воинов во главе с Алп-ханом произвела вылазку, прорвалась сквозь
ряды монголов и ушла на соединение с войсками хорезмшаха. Остальные, потеряв
очень много людей убитыми, решили сдаваться.
На пятый день осады к монголам выехала депутация во главе с казием города и
шейх-ул-исламом. Тюркское войско, возглавляемое Тугай-ханом, перешло на службу к
монголам. Не желая иметь дело с предателями, Чингизхан приказал уничтожить
обезоруженный отряд. На ровном месте под Самаркандом было убито 30 тысяч тюрков,
в том числе все 20 сдавшихся военачальников. При штурме монголы разрушили
главное ирригационное сооружение Самарканда на канале Коргашин Нова (Новадон),
оставив город без воды. Захватчики вошли в город через ворота Намазгох и стали
уничтожать укрепления. Горожанам было приказано покинуть Самарканд, и он был
предан полному разграблению. Как отмечается в письменных источниках, по просьбе
духовных лиц — казия и шейх ул-ислама — около 50 тысяч жителей было спасено от
резни и насилия. Небольшая группа осажденных (до 30 тысяч человек) засела в
цитадели и не сдавалась врагу. Монголы взяли цитадель штурмом, и все несдавшиеся
защитники Самарканда были убиты в соборной мечети, продолжая героически
сражаться до конца и предпочтя смерть плену.
Остатки обгоревшей соборной мечети XIII века найдены археологами на Афрасиабе
и изучены. Это памятник героизма наших предков, защищавших родной город от
жестоких захватчиков. При осаде Самарканда погибла большая часть населения
города. В плен уведено более 30 тысяч ремесленников. Все они стали рабами рода
Чингизхана, работали в резиденции великих ханов. Те, кто был годен для военной
службы, в принудительном порядке пополняли отряды для штурма городов. В
результате густонаселенный, богатый и благоустроенный Самарканд совершенно
опустел. По словам китайского даоса Чан Чуня, служившего у Чингизхана, после
завоевания в городе осталась лишь четверть населения. Столица Мавераннахра, один
из древнейших и красивейших городов Востока, был превращен в развалины диким
кочевым народом.
Удивительно то, что пока монгольские войска во главе с Чингизханом громили
Мавераннахр, уничтожали его богатые города, сжигали посевы, правитель
государства хорезмшахов Ала ад-дин Мухаммад, отсиживаясь на берегах Амударьи,
наблюдал со стороны происходящие события как бесстрастный свидетель. Вместо
того, чтобы организовать борьбу против грозного врага, он, игнорируя советы
храбрецов, в том числе своего сына Джалал ад-дина Мангуберды, решил бежать от
монголов. С трудом избавившись от преследования 30-тысячного авангардного
отряда, посланного Чингизханом, хорезмшах скрылся в своих западных владениях на
берегу Каспийского моря. Там, на одном из островов Ала ад-дин Мухаммад,
окончательно потерявший веру в себя и в свои силы, забывший о долге и
ответственности перед народом, умер от воспаления легких.