Покончить с империей Темуридов было основной целью Шейбанихана. С этой целью в 1499 году он приступил к завоеванию Мавераннахра. В сражениях он умело применял военную тактику - тулгама, которая повергала в шок войска Темуридов.

В 1500 году Шейбанихан захватил Самарканд. Этому способствовали действия матери правителя Самарканда Султана Али-Мирзы Зухрабегим, которая по наущению предателей тайно отправила послание Мухаммаду Шейбанихану следующего содержания: "Я тоже из узбекского племени, если вы возьмете меня в жены по шариату мы вместе с моим сыном готовы признать вас в качестве своего владыки и сдадим Самарканд вашему величеству - хану". В то же время она ставит условие Шейбанихану, из которого следует, что по завоевании Термеза, Чаганияна, Гиссара и Бадахшана он должен будет уступить эти территории ее сыну Султану Али-мирзе. Шейбанихан дал согласие на эти условия. Однако после завоевания Самарканда, он их не выполнил, а Султан Али-мирза был казнен.

Таким образом, в 1501 году Шейбанихан окончательно завладел Самаркандским троном. Имея огромную армию, Шейбанихан приступил теперь к захвату всего Мавераннахра.

В 1503 году он завоевал города Ташкент и Шахрухию. Правителями этих городов он назначил сыновей Рабии-Султанбегим, дочери Улугбека, выданной замуж за Абулхайрхана.