Абулгази Бахадырхан в 1662 году подписывает договор с бухарским ханом и в 1663 году власть передает своему сыну Анушахану. При Анушахане отношения Хива — Бухара еще более обостряются. Анушахан несколько раз устраивает военные действия, которые приводят Бухарское ханство к разрушениям. Его войска даже дошли до Бухары, заняли Самарканд. Наконец, в 1685 году в сражении недалеко от Гиждувана хивинские войска были разгромлены. Бухарский хан Субханкулихан организовал интригу против Анушахана. В 1687 тот был свергнут с престола и ослеплен.

Субханкулихан смог создать из своих сторонников в Хиве такую группу заговорщиков, с помощью которых в конце XVI — начале XVII века в Хиве организовалась «игра с ханами» — сменялись десятки ханов. В результате этих событий политическая жизнь Хивинского ханства усложнилась еще больше, государство осталось в водовороте противоречий. При хивинском хане Шергазихане (1714-1728) бухарский хан Абулфайзхан начал направлять аральцев против хивинского хана. В результате население Приаралья отделилось от Хивинского ханства. Внутренние противоречия в Хивинском ханстве продолжались с преимуществом то одной, то другой стороны до смерти Шергазихана.

Политическое положение Хивинского ханства особенно осложнилось в период правления Элбарсхана (1728-1740). Элбарсхан подавил внутренние противоречия, вместе с тем совершал нападения на соседние территории. В то же время старался помочь Бухаре в борьбе против Надиршаха.

После подчинения Бухары в 1740 году Надиршах начал поход на Хивинское ханство. В сражении вблизи Хазараспа хивинские войска потерпели поражение. А в сражении в Хонке хивинцы полностью были разгромлены. Элбарсхан был убит.

В 1740 году Надиршах назначает хакимом Хивы своего поверенного и возвращается в Иран. В Хиве устанавливается иранская система управления. Внедряется еще один вид налога с населения — «моли омон». После этого опять усиливаются беспорядки. В ходе внутренних войн некоторое, время преимущество было на стороне туркменских племен — явмутов. Хива потеряла свою независимость, прежде культурная страна превратилась в поле грабежа. Караванный путь, соединяющий Азию с Европой, вовсе потерял свое значение. Ханы же на практике стали зависимыми от иноков.