После смерти «амира-махсума» Шахмурада, на трон Бухарского эмирата сел Амир Хайдар (1800-1826). Местные правители — беки и крупные богачи начали войну против центральной власти. Первыми подняли восстание в 1800 году туркмены Мерва, недовольные самовольством собирателей «улпона» (налогов). Амир Хайдар жестоко подавил это восстание. Но в 1804 году жители Мерва восстали вновь. На этот раз восстанием руководил хаким Мерва, брат Амира Хайдара Динносирбек. Его целью было завоевание высшей власти с помощью хивинского хана Элгузара. Амир Хайдар разрушил плотину Султанабад, которая обеспечивала этот оазис водой. Оставшись без воды, население было вынуждено остановить войну и уйти из города. Остальная часть туркменов была переселена в долину реки Зарафшан. Динносирбек же, взяв семью и 100 человек, сбежал в Иран.

В 1800 году народные восстания произошли еще в Каршинской области и Каттакургане.

Постоянные войны привели к увеличению налогов и других повинностей для простого люда. В результате произошло восстание в 1821 году в Миянкале. Каттакурган, Челак и Янгикурган перешли в руки восставших. В это время Амиру Хайдару приходилось отражать также нападения хивинского и кокандского ханов. Восставшие, объявив эмиром брата Хайдара Исакбека, блокируют Самарканд, начинают наступать на Карману. Амир Хайдар добивается изгнания хивинских войск с территории эмирата. После этого он имел возможность направить все силы против восставших. Весной 1825 года Амир Хайдар занимает Янгикурган и Челак, однако, не может полностью подавить натиск восставших. Он был вынужден издать документ о неприкосновенности их имущества.