В ремесленничестве Бухарского эмирата не использовалось механизированное производство, обеспечивающее высокую производительность труда. Поэтому во внутреннем рынке превалировали товары ручного труда и сельскохозяйственная продукция.

В Бухаре строго контролировались цены на рынках и правильность весов. Если торговец обвешивал или обсчитывал покупателя, его сурово наказывали — везли в полуголом виде на арбе по базару и заставляли произносить раскаяние.

В Средней Азии, в частности в Бухаре, базары выполняли не только хозяйственные задачи. Вместе с тем они были своеобразными общественными и культурными центрами. Например, на базарах читали указы правителя, наказывали нарушителей, а в праздничные дни устраивали представления.

Внешнеторговые связи государства тоже не приостановились. Бухара установила связи с Индией, Афганистаном, Ираном, Китаем. В эти государства отправлялись торговые караваны, груженные товарами бухарского производства: хлопчатобумажными тканями, плюшем, бумагой, седлами для лошадей, оружием, фруктами. Некоторые караваны состояли из нескольких сот голов верблюдов. В города Самарканд и Бухару приезжали зарубежные купцы. В Бухаре были даже отдельные махалли, где жили купцы из Индии. Они торговали тканями, красками, специями, лекарствами и сахаром.

Велась торговля и с населением казахских степей, которое снабжало бухарцев животноводческой продукцией и скотом, разными товарами ремесленников. Они продавали кожаную одежду, изготовленную из крашеной овечьей шкуры. Эти изделия были самыми востребованными на бухарских рынках. В торговле с казахами каракалпаки были посредниками. А туркмены привозили племенных лошадей.

Торговые отношения Бухарского эмирата с Россией тоже развивались. В 1804 году в Оренбурге был построен постоялый двор для бухарских купцов, где проживало до 20 семей. Они играли немаловажную роль в развитии торговли между эмиратом и Россией. Многие проживающие на этом постоялом дворе в 1812 году участвовали в сражении против армии Наполеона. К 1825 году двор купцов расширился, число семей достигло 30. В основном это были ремесленники, пекари и купцы.

Таким образом, экономика Бухарского государства постепенно приобретала направление налаживания торговли с Россией. Если в 1844 году доля Бухарского ханства во внешней торговле Средняя Азия — Россия составила 25 процентов, то к 1864 году этот показатель вырос до 42 процентов.