Города всегда имели огромное значение в политической, экономической и культурной жизни Бухарского эмирата. Они выполняли задачи опоры государственной власти, центра торговли и ремесленничества, очага культуры и науки.

Самарканд был один из крупнейших городов эмирата. В Самарканде были отдельные махалли и торговые ряды по изготовлению керамических изделий, литью чугуна (казанов), обработке кожи, выпуску бумаги, одежды, оружия, а также производителей плюша, ситца, красителей, меховых изделий.

В Самарканде функционировали 7 медресе: Улугбека, Шердор, Тиллякори, Сафед (Ходжа Ахрора), Шейбанихана, Ходжа Абдулгафура, Кази Сокия.

Из-за усилившихся в период Аштарханидов войн город был разрушен. В годы правления Амира Шахмурада (1785-1800) Самарканд восстановлен почти заново.

В начале XIX века Бухара была окружена высокой стеной. Ее длина 13,9 км, площадь — 10,4 км². Проживало 80 тысяч человек. В 40-х годах XIX века в Бухаре было 38 караван-сараев, в которых жили приезжие и местные купцы. В караван-сараях располагались склады, лавки, мастерские и гостиницы. Одни принадлежали эмиру, другие — частным лицам, третьи — вакфу. В бухарские караван-сараи ежегодно прибывало товаров на 12-15 тысячах верблюдов. Торговыми делами управлял караванбаши — управляющий эмира.

В Бухаре внутренняя и международная торговля осуществлялась в 9 крытых базарах и чорсу.

В Бухаре действовали 103 медресе, 360 мечетей и 83 бассейна.