Религиозный экстремизм, требование неукоснительного соблюдения религиозных обычаев оказали отрицательное влияние на развитие науки. Но несмотря на это, научная деятельность ученых не прекращалась. Известный ученый века, мударрис медресе Мир Араб Мухаммад Шариф Бухари (1609-1697) оставил более 20 трудов по исламскому праву, языкознанию, астрономии. Его произведение «Книга о периодичности» посвящено раскрытию законов пространства и времени. «Полезные советы правителю», состоящие из 25 глав и 32 параграфов, содержат правила шариата, сведения по общественной жизни и этические проблемы, интересные поучительные рассказы из деятельности правителей. До нас дошли труды Муллы Турсуна Фаризи по математике, геометрии, химии и астрономии, Муллы Юсуфа Карабоги по философии и логике. Бобоходжа ибн Ходжа Ориф Самарканди в 1678 году написал книгу по астрономии. В сборнике Махмуда ибн Вали «Бахр ул-асрор» («Море тайн») даются сведения о 20 самаркандских и бухарских ученых.

В период правления Субханкулихана развивалась медицинская наука. По его инициативе в Бухаре была построена больница «Дор-уш-шифо» (место лечения). Также построено медресе, готовящее специалистов-медиков. У Субханкулихана была уникальная библиотека, состоящая из медицинской литературы. Сам он написал книги по астрологии «Лечение по методу Субханкулихана», «Сущность положения Луны в определении счастливого часа».