В XVII—XVIII веках в городах и кишлаках функционировало много школ. Девочки и мальчики учились в отдельных школах. Мужские школы располагались в мечетях, медресе, при предприятиях или в частных домах учителей, а учителями были имамы, образованные люди, окончившие медресе. Их звали «домла». Женские школы открывались в частных домах, где девочек учили женщины-учительницы: отинойи, отинбиби, бибихалифа или бибиотин.

Затраты школ и заработная плата учителей компенсировалась за счет средств, поступающих от вакфа и оплаты родителями за учебу. Сироты обучались бесплатно. Дети принимались в школу с 6-7 лет и учились 5-8 лет. Вначале они обучались грамоте — чтению и письму, затем занимались по книге «Хафтияк» (одна седьмая часть Корана). На уроках математики проходили счет, математические действия. Изучали произведения Навои, Фазули, Бедила, Машраба, Хафиза Ширази и Суфи Аллаяра, а также книгу «Чоркитоб». В женских школах, кроме обучения, больше времени отводилось домоводству, гигиене, кулинарии, нравственному воспитанию.

Дети переходили к письму только после того, когда полностью научились читать. Письменные работы проводились по таким видам, как списывание, составление разных справок и бумаг, сочинения. В школах не было экзаменов, выпускные аттестаты не выдавались. Свидетельством тому, что ребенок окончил школу, было то, что он умел читать, писать и считать.

Медресе считалось средним и высшим учебным заведением. Сюда принимались окончившие школу. Обучение в медресе продолжалось 7-12 лет, в зависимости от подготовки отдельного ученика. В городах Бухарского ханства было более 150 медресе. В них обучались по книгам на арабском языке и языке фарси. Мударрисы комментировали их на тюркском. Сначала учились по пособию «Аввали илм». Затем — по грамматике арабского языка. Курс правоведения («фикх») был обязательным.

В медресе из общеобразовательных дисциплин изучали астрономию, геометрию, медицину, химию, историю, географию, литературу, стихотворный размер «аруз», основы архитектуры, чистописание, музыку, этику, ораторское искусство. От студентов медресе требовалось знать работы Имама аль-Бухари, Абу Мансура Мотуриди, Бурханитдина Марчинони — в общей сложности 137 учебников и пособий.