В конце ноября 1497 г. Бабур занял Самарканд. Но долго сидеть на троне ему не пришлось. Посланный им в Андижан в качестве доверенного лица Узун Хасан вступил в преступный сговор с врагом Бабура Ахмадом Танбалом и решил посадить на андижанский трон младшего брата Бабура Джахангира-мирзу, что в конце концов удалось. Осознавая сложившуюся военно-политическую безысходность и пытаясь удержать Андижан в своих руках, после 100 дней правления Мирза Бабур был вынужден покинуть Самарканд, а трон правителя занял Султанали-мирза.

В то же время младший брат Бабура Насыр-мирза отвоевал Андижан у Узун Хасана и вернул его брату. Но обстановка оставалась сложной: Джахангир-мирза все еще претендовал на власть. К тому же, Ахмад Танбал все еще оказывал ему поддержку. Наконец, в феврале 1500 г. братья пришли к соглашению, в результате которого земли на север от Сырдарьи, включая Ахси, были отданы Джахангир-мирзе, а южная сторона реки с городом Андижаном осталась за Бабуром.

Подобно событиям в Фергане, в других частях государства Темуридов также велась борьба за власть. Как писал историк-современник того периода Мухаммад Салих, "было время тотальной взаимной боязни. Со своими претензиями на трон они сеяли в стране семена подстрекательства”.

В результате начавшейся беспощадной борьбы за престол государство Темуридов постиг кризис. У ставившего своей целью завоевать территории государства Темуридов Мухаммада Шейбанихана появилась реальная возможность завладеть Мавераннахром и Хорасаном.