В период правления Аштарханидов государственное устройство почти не отличалось по структуре и
сущности от государства Шейбанидов. Вопросы внешней и внутренней политики
государства официально решались по указу главного правителя — хана. В
управленческой структуре центральной и местной власти сохранились те же
должности, которые действовали при Шейбанидах. Например,
государственная должность «сарой кутлови» — руководитель строительными,
водохозяйственными делами и благоустройством.
Бухарское ханство делилось на административные единицы — вилаяты, а они в свою очередь на туманы. Хакимы
вилаятов назначались ханом. В военной сфере не было постоянной мощной армии и
центрального командования, войска не обеспечивались современными орудиями,
пушками. Это привело к ослаблению Бухарского ханства в вопросах военной мощи.