В 1702 году после смерти Субханкулихана престол занимает его сын Убайдуллахан (1702-1711). Убайдуллахан пытался подчинить своей власти не признававших центральную власть своевольных эмиров — предводителей племен и покончить с феодальной раздробленностью.

Сначала он искал пути, как подчинить Балх. Известно, что отец Убайдуллахана II Субханкулихан подарил Балхский вилаят главе племени катаган Махмудбию-аталыку за особые заслуги. За время правления Убайдуллахана Махмудбий полностью взял власть в свои руки и в 1706 году объявил себя ханом. Скоро он завоевывает и Термез. Убайдуллахан начал военные действия сначала в Термезе, затем и в Балхе. В 1707 году он завоевал Балх. Махмудбий сбежал. Но когда Убайдуллахан вернулся в Бухару, Махмудбий снова занял Балх. Его суверенное право Убайдуллахан вынужден был признать.

В Ферганской долине, которая также была в составе Бухарского ханства, в начале XVIII века также начались попытки отделиться. Власть переходит в руки чадакских ходжей вблизи Чуста. А в 1710 году переходит к главе племени минг, который становится таким образом основоположником независимого Кокандского ханства.

В период правления Убайдуллахана общественно-политические беспорядки усиливаются. Правитель каждого вилаята хотел быть самостоятельным. В результате против Убайдуллахана была организована интрига и 16 марта 1711 года он был убит.

На престол посадили его брата Абулфайзхана (1711-1747), который щедро одарил всех участников и исполнителей интриги. Они получили высокие должности. Приближенные же Убайдуллахана были казнены, их имущество — разграблено.

Таким образом, правление Убайдуллахана, который боролся против раздробленности за укрепление государственности и сохранение единства, имело трагический конец.