Вскоре дядя Бабура — правитель Ташкента Султан Махмуд выступил в поход на Фергану и начал осаду крепости Ахси. Но несмотря на все усилия, покорить отважно защищающейся Ахси он так и не смог и вынужден был вернуться в Ташкент.

В январе 1496 г. самаркандский трон после смерти Ахмада-мирзы занял его сын Байсункур-мирза (1479-1499). Итак, Андижаном правил Бабур, Самаркандом - Байсункур-мирза, Ташкентом - Султан Махмудхан, а Гератом - султан Хусейн Байкара.

Наряду с остальными претендентами на престол Бабур также не был лишен амбиций занять самаркандский трон - центр империи, созданной его великим дедом Амиром Темуром.

Спустя некоторое время началась борьба за трон между двумя братьями – Байсункур-мирзой и Султанали-мирзой. Бабур воспользовался этим и 17 июня 1496 г. выступил в поход на Самарканд и осадил его. При осаде против своего брата поднялись старший брат Байсункура, правитель Бухары Султан Маъсуд-мирза (1475-1506) и его младший брат Султанали-мирза (1483-1500). Бабур получил также подкрепление от своего дяди - ташкентского правителя султана Махмудхана. Но был конец осени, начались холода и царевичи- союзники вынуждены были снять осаду и вернуться обратно.

В мае 1497 г. Бабур вновь осадил Самарканд. Байсункур вынужден был укрыться в городской крепости. Продукты питания были на исходе и среди воинов Байсункур-мирзы началась паника. Оказавшись в безвыходном положении, он попросил помощи у правителя Дашти-Кипчака Шейбанихана. Последний, воспользовавшись моментом, в скором времени оказался в Самарканде и разбил лагерь напротив войск Бабура. Это встревожило союзников Бабура. Кроме того, часть воинов Бабура, спасаясь от холода, покинула свои позиции, разойдясь по местным селениям. Вступать в сражение с Шейбаниханом с таким малочисленным войском было рискованно. Но и другого выхода не было. Бабур вынужден был принять сражение. Неожиданно войско Шейбанихана направилось в город. Но Байсункур-мирза не впустил его и предложил Шейбанихану сражаться за его стенами. Рассердившись, Шейбанихан со своим войском ушел обратно в Туркестан. Но появление Шейбанихана в Самарканде не прошло бесследно. Он твердо решил, что еще вернется, зная, в каком плачевном состоянии находятся Темуриды и Мавераннахр в результате междоусобных войн.

Осада Самарканда длилась более семи месяцев. Оказавшись в безвыходном положении, Байсункур-мирза с малочисленным войском бежал к правителю Кундуза Хусравшаху.