При Шейбанидах в экономической жизни страны уделялось серьезное внимание решению проблем, связанных с искусственным орошением земли. Правители этой династии предпринимали ряд мероприятий для плодотворного использования возможностей рек Санзар, Чирчик, Сырдарья, Амударья, Вахш и Мургаб. К примеру, в 1502 году Шейбанихан велел построить мост-водораздел у разветвления Зарафшана на Акдарью и Карадарью.

Позднее, для орошения Кешского вилаята, от реки Кашкадарья отвели более 10 каналов.

Искусственное орошение получило интенсивное развитие особенно при Абдуллахане II. К примеру, в 1556-1585 годах были построены водоразделы Кермине, Мехтар, Касим, Чахор-Минор, Джандар на реке Зарафшан, водохранилища Очкоб в Нуратинских горах, Хавзи-хан в оазисе Мургаба. Кроме того, от реки Зарафшан был прорыт канал Туятартар в оазисе Джизак, канал Ходжа-Кааб для благоустройства степи Саманджук, канал Афшана; были отведены каналы от Амударьи к Чарджоу, от Мургаба — в Мерв, от Вахша — для орошения близлежащих земель.

Помимо всего прочего, Абдуллахан II заботился об оживлении караванных путей, уделял большое внимание постройке и ремонту сардобов (искусственных сооружений для сохранения дождевых вод) и караван-сараев. В 1577 году в Бухаре было построено крупное торговое помещение с крытым куполом, именуемое в народе "тимом Абдуллахана". Также по его приказу была построена грандиозная плотина на месте старой близ селения Окчоб в ущелье Бекларсай Нуратинского района. Плотина Абдуллахана (в народе "Абдуллахон банди") позволяла открывать или закрывать ее шлюзы с верхней точки плотины. Она строилась для орошения залежных земель.

Все эти меры, в свою очередь, способствовали развитию сельского хозяйства.

В государстве были развиты такие отрасли ремесленного производства, как швейное, гончарное, кузнечное, оружейное, ювелирное, бумажное дело и производство строительных материалов.