Бабур - праправнук третьего сына  Амира Темура — Мираншаха. Он родился 14 февраля 1483 года в городе  Андижане. Детские и юношеские годы будущего правителя прошли в городах Андижан и Ахси. Во дворце своего отца Умаршейха-мирзы (1456 - 1494) он овладел всеми необходимыми для своего времени знаниями.

Умаршейх-мирза в период правления своего отца Абу Саида-мирзы был назначен правителем сначала Кабульского, затем Ферганского вилаятов. Позже, в период правления своего брата Султана Ахмада, правление огромной территорией от Ташкента до Сайрама также было возложено на Умаршейха-мирзу. Но вследствие беспрерывных внутренних конфликтов и междоусобиц во власти Умаршейха-мирзы остались только Фергана, Ходжент и Уратюбе.

После смерти Умаршейха-мирзы в результате несчастного случая правителем Ферганы стал 12-летний Бабур. Правление государством малолетний государь осуществлял при помощи одного из надежных беков - Ходжи-казы и своей матери Кутлуг Нигорханум — грамотной и мудрой женщины своего времени.

Вступление молодого Бабура в борьбу за власть совпало с тяжелейшим периодом в истории правления династии Темуридов, когда военно-политическая разруха в стране достигла своего пика, что отчетливо прослеживается в политической обстановке Ферганы того времени.

К примеру, в 1494 году дядя Бабура по отцу Султан Ахмад-мирза, правитель Самарканда, предпринял неудачный военный поход на Фергану. При переправе самаркандских войск через реку Кувасай мост рухнул и многие воины утонули. Вскоре лошадей войска поразила чума. Началась паника. Местное население оказывало упорное сопротивление захватчикам. Оказавшийся в безвыходной ситуации Султан Ахмад-мирза был вынужден вернуться в Самарканд.