Среди ханств Средней Азии у Бухарского ханства отношения с Китаем также были не дружескими. С одной стороны, империя Сина в 1755-1759 годах подчинила себе Восточный Туркестан и стремилась ослабить Кокандское ханство. С другой стороны, Кокандское ханство, пытаясь восстановить в Восточном Туркестане свою власть, постепенно расширяло свои границы в сторону Восточного Туркестана. В 20-х годах XIX века отношения Коканда с Китаем еще более обострились. Тому причиной стало вмешательство кокандского хана Мухаммада Алихана в национально-освободительное движение народа Восточного Туркестана под руководством Джахангирходжи против империи Сина в 1825 году.

Правительство Китая в 1829 году запретило торговую деятельность Коканда в Восточном Туркестане, изгнало большинство среднеазиатских купцов и конфисковало их имущество.

В ответ на эти действия кокандский хан Мухаммад Али направил войска под руководством Хаккули в распоряжение руководителя освободительного движения туркестанцев против Китая Джахангирходжи. В результате этого Юсуф ходжа завоевал Кашгар и продолжил военные действия для завоевания Яркента. Это сильно встревожило правительство Китая и оно направляет большое войско против Юсуфходжи.

Из-за отсутствия крепкого единства среди повстанцев и в результате отзыва кокандским ханом войска, направленного в Восточный Туркестан, а также в связи с ухудшением отношений между Бухарой и Кокандом, Юсуфходжа потерпел поражение.

В результате Юсуфходжа оставляет Восточный Туркестан. Вместе с ним 70 тысяч уйгурских семей переселились в Ферганскую долину.

Кокандское ханство продолжало политику постепенного расширения своих границ в сторону Восточного Туркестана. В это же время империя Сина из-за финансовых затруднений была не способна вести открытые военные действия против Кокандского ханства. В итоге в 1832 году в Пекине был подписан договор между Китаем и Кокандом. Согласно этому договору, Коканд взял на себя обязательство не впускать потомство Джахангирходжи в Восточный Туркестан.

Китай отменил запрет на деятельность кокандских купцов в Восточном Туркестане, кокандским купцам было предоставлено право торговать в Восточном Туркестане без уплаты пошлины. Право взимания с среднеазиатских купцов платы за торговлю в Восточном Туркестане было передано Кокандскому ханству.