Для государств Средней Азии самым близким соседом был Афганистан. Суверенное государство Афганистан образовано в 1747 году. Отношения между молодым афганским государством и Бухарским ханством носили далеко не дружеский характер. Тому причиной были стремления обеих сторон держать под своим контролем территории на южном берегу Амударьи, населенные узбеками. Так, в 1751 году правитель Афганистана Ахмадшах (1747-1773) направляет свои войска, чтобы завоевать земли узбеков, проживавших на южном берегу Амударьи. Маленькие узбекские бекства были очень ослаблены взаимными войнами. В результате этого они стали зависимыми от Афганистана. Крепость Балх была взята афганским гарнизоном. Балхом стал управлять наиб Ахмадшаха.

В 1768 году местные узбеки восстали против гнета афганцев. Повстанцев поддерживала Бухара. В этой ситуации Ахмадшах сам повел свои войска и подавил восстание.

В 1789 году узбеки опять восстали. И на этот раз повстанцев поддерживала Бухара. Правитель Афганистана Темуршах (1773-1793) с 100-тысячным войском пошел на Балх. Но идти войной против Бухары Темуршах не посмел и был вынужден заключить мирный договор с Бухарой. Согласно договору, Амударья была признана границей между двумя государствами.

Между Бухарой и Афганистаном торговые связи шли непрерывно. Город Кабул в торговых отношениях занимал особое место. Через Кабул шли российские товары из Бухары в Индию, через Бухару в Афганистан, из Индии в Бухару шли караваны с индийскими товарами.