Андижан построен на Великом шелковом пути. В отдельных источниках указано, что название города связано с наименованиями родов «анди», «адок». Есть легенды о том, что в период арабского завоевания город назывался «Андукан». Андижан начиная с XV века стал центром Ферганской долины.

В годы правления Захириддина Мухаммада Бабура в Андижане были развиты хозяйство, наука и культура. В своей книге «Бабур-наме» об Андижане писал так: «Жизнь была благополучной, урожайность фруктов, дынь и винограда высокая. В Мавераннахре после Самарканда и крепости Кеш этот город самый значимый. Имеет трое ворот. По девяти желобам поступает вода».

После образования Кокандского ханства город стал центром Андижанского бекства. Андижан был разделен на 4 дахи. Каждая из частей имела своих кази, мингбаши. Дахи были разделены на управляемые аксакалом махалли.