Из-за юного возраста Худоярхана в реальности Кокандским ханством управляет его тесть Мусулманкул. Таким образом, в ханстве началось время правления кипчаков.

Теперь кипчаки повсеместно стали переселяться в Коканд, местное население они выгоняли из города, занимали их жилища и захватывали имущество. Они захватили также в свои руки оросительные сооружения и обложили население налогом за воду. Все это вызвало сильное недовольство среди местного населения.

В связи с этим Мусулманкул с целью сохранения своих позиций стремится установить отношения с русскими и тайно встречается с представителем русского командования В. В. Вельяминовым-Зерновым. Это сильно напугало Худоярхана. В этом положении он выбирает единственно верный путь. Таким путем было прекращено господство тестя Мусулманкула и кипчаков.

9 октября 1852 года он с помощью вызванного из Ташкента войска организовал резню кипчаков. Эти его действия нашли поддержку со стороны местного населения. Его тесть Мусулманкул был пленен, доставлен в Коканд и казнен. Имущество кипчаков конфисковали и раздали местному населению.

Хотя господство Мусулманкула было ликвидировано, но внутренние распри с этим не кончились.