Независимость Ташкентского бекства долго не просуществовала. Тому причиной - ташкентско-кокандские отношения. Между этими государствами все время шло противоборство. Юнусходжа попытался заключить союз с бекствами, вилаятами Кокандского ханства, не желавшими подчиниться центральной власти. Более того, он стремился воспользоваться борьбой мятежных хакимов против центральной власти. В то же время Кокандское ханство выбрало путь на полную ликвидацию Ташкентского бекства. Главное сражение между войсками обеих сторон произошло осенью 1800 года вблизи Гурумсарая (ныне относится к Наманганской области) на берегу Сырдарьи. В этом сражении войска Ташкента потерпели поражение.

Потерпевший поражение и возвратившийся в Ташкент Юнусходжа заболел и в 1803 году умер. Трон занял его сын Султанходжа. Услышав о смерти Юнусходжи, кокандский хан Алимхан направил свои войска в Ташкент. В 1809 году Ташкентское бекство было присоединено к Кокандскому ханству. Таким образом, Ташкентское бекство исчезло совсем.