На стыке XV - XVI вв. население Самарканда ищет меры по восстановлению власти Темуридов во главе с шейх-ул-исламом Абулмакаримом. Предводители Самарканда направляют письмо
правителю Ферганы Бабуру, призывая его занять трон Самарканда. Верный интересам
династии Бабур осенью 1500 года начинает поход на Самарканд. В это время
Шейбанихан жил за Самаркандом в Конгили (загородная резиденция). Население
Самарканда открыло ворота города войскам Бабура, которые начали наступление.
Войско Шейбанихана из 600 человек, оставленных в городе, было уничтожено. Таким
образом, Бабур вторично занял престол Самарканда.
Шейбанихан отступает к Бухаре и готовится к решающему сражению. Бабур также
всю зиму готовится к войне. В апреле 1501 года вблизи селения Сарипул на берегу
Зарафшана произошло кровопролитное сражение, в котором Бабур терпит поражение и
отступает к Самарканду. Победитель Шейбанихан начинает осаду Самарканда и
предлагает Бабуру сдаться. Как ни тяжелы были условия сдачи, Бабур вынужден был
согласиться.
Согласно условиям сдачи, Бабур вынужден оставить Самарканд и, перенеся
множество тягот, отправляется в далекие земли. Дочь Бабура Гулбаданбегим в своем
произведении «Хумаюннома» пишет об этих событиях: «В течение полных одиннадцати
лет в Мавераннахре произошли такие ожесточенные сражения чагатаидов и темуридов
с узбекскими султанами, что перо не в силах их перечислить и описать. В конце
концов отец мой с присоединившимися к нему родственниками и близкими людьми в
количестве около 250 человек с палкой в руках, без оружия, уповая на Бога,
направился в Бадахшан и оттуда в Кабул».
Достигнув Кабула, в сентябре 1504 года Бабур становится правителем Кабула,
где в результате разумной политики заслужит авторитет в качестве правителя
великого государства.
В 1510 году, после гибели Шейбанихана, в сердце Бабура затеплится надежда
вернуть Мавераннахр, отобрав его у Шейбанидов с помощью шаха Исмаила. По этой
причине он с распростертыми объятиями встречает в Кабуле послов шаха Исмаила.
Послы шаха предлагают Бабуру совместно стянуть войска к Самарканду, на что Бабур
отвечает согласием.
Осенью 1511 года с помощью
шаха Исмаила Бабур в третий раз завоевывает Самарканд. После победы он
объявляет шаха Исмаила верховным правителем. Шах Исмаил был приверженцем
шиизма, поэтому население Самарканда не поддерживало его, однако Бабур уже
отпустил войска, пришедшие из Ирана. Пользуясь этим шансом, сыновья Шейбанихана
Убайдулла-султан вместе с Мухаммад Темур-султаном, опираясь на помощь других
местных султанов, начинают борьбу с Бабуром. 28 апреля 1512 года в сражении,
произошедшем в Коли Малике, Бабур терпит поражение. В целях оказания помощи шах
Исмаил направляет к Бабуру войско под предводительством своего знаменитого
полководца эмира Ахмада (по прозвищу «Нажми Сони», то есть Вторая Звезда).
Объединившись, они пересекают Амударью и занимают Гузар и Карши. Однако в
сражении, произошедшем в Гиждуване, победителем оказывается Убайдулла Султан, а
Нажми Сони погибает. Лишь небольшой части иранского войска удается спастись.
Мирза Бабур был объявлен правителем Кабула. В 1526 г., оставив в Кабуле
своего сына Камрана, он предпринял военный поход в Индию, где основал
государство Бабуридов. Несмотря на то, что он основал могучую и великую
империю в Индии, даже в самые благополучные моменты своей жизни чувство тоски по
Родине не покидало его. В один из таких дней опечаленный Бабур написал
следующие строки:
Я в жизни счастья не встречал; с несчастьем связан стал.
Во всех делах — просчет, за все я всем обязан стал.
Покинув родину свою, побрел я в Индустан,
И черною смолой стыда навек измазан стал.
