Кокандское ханство по своему государственному устройству было абсолютной монархией. Хан являлся руководителем государства и официально имел неограниченные права. Хан управлял государством опираясь на правящее племя, духовенство, правящие касты других племен, чиновников и военных.

Ученый-историк Махмуд Ходжи в своей книге "История Туркестана" дает характеристику 24 крупным государственным должностям.

По его определению, после хана самая значимая должность — кушбеги. Он являлся главным советником хана и одновременно назначался независимым правителем (хакимом) одного из крупных городов. Так, как отмечено в источниках, Ташкентом в течение определенного времени правил кушбеги.

Должность парваначи по своему статусу считалась равной кушбеги. С течением времени в ханстве первой должностью стала должность мингбаши. Мингбаши в ханстве считался главным визиром (министром).

Чиновник ханства, занимающий должность худойчи, занимался приемом заявлений, адресованных хану.

В то же время были внедрены и такие должности, как глава постов ханской спальни, мирахур, глава сарбазов (солдат), накиб, аталык, додхо, мехтар, смирахур, юзбаши (сотник), унбаши (десятник).

Кроме того, были должности с большим значением, ответственные за соблюдение предписаний исламского шариата. Это должности шейх-ул-ислама, казикаляна, кази, кази аскара, муфтия. На эти должности назначались лишь представители духовенства. В ханстве также имелись должности шиговула, мухтасиба, дафтардора, саркора, инока и другие. В административно-правовом отношении ханство разделилось на вилаяты (пятнадцать), бекства и аксакалства.

В соответствии с военной реформой, проведенной в период правления Алимхана, начала образовываться регулярная армия из воинов батыров. Каждому батыру была назначена ежемесячная заработная плата в 50 танга.