В тяжелые и беспокойные годы основная часть каракалпаков уехала в свободные земли между Амударьей и Сырдарьей, на берега Янгидарьи и Кувандарьи. Эти земли граничили с Хивинским ханством.

Эти новые земли были освоены благодаря кропотливому труду каракалпакского народа. Ученые историки дают высокую оценку оросительным системам, созданным на Янгидарье и считают их памятником героического труда каракалпакского народа.

Постепенно началось сближение каракалпаков с приаральскими узбеками (кунгратами). Аральские узбеки были в оппозиции к центральной власти Хивинского ханства.

Центральная власть хорошо понимала, что не подчинив себе каракалпаков, она не сможет подчинить себе и аральских узбеков. Хивинское ханство не раз пыталось подчинить себе узбеков Арала и живущих с ними в соседстве каракалпаков.

Так, в 1715 году попытался их подчинить Шергазихан. Однако этого ему не удалось. Только в 1735 году, в период правления Элбарсхана, узбеки Приаралья и каракалпаки признали власть хивинского хана.

Во время правления Мухаммада Амина отдельные каракалпакские племена стали добровольно переходить в гражданство Хивинского ханства. Тому причиной было стремление предводителей племен сохранить таким образом личную власть.

В 1809 году каракалпаки, живущие в прибрежных районах Амударьи, Кувандарьи и Аральского моря, подчинились ханству. В 1810-1811 годах были подчинены также и каракалпаки, живущие в прибрежных районах Янгидарьи. Таким образом, завершилось подчинение каракалпаков Хивинскому ханству. Одновременно закончился процесс обустройства каракалпаков на свободных землях Хорезмской области.