Каракалпакская государственность начинается с Ногайского ханства, образованного в конце XIV века под руководством Идигу (Эдыгея), предводителя ногайцев (мангытов). После гибели Идигу в 1419 году усиливается борьба за трон, ханство теряет силу. Во второй половине XVI века Ногайское ханство делится на три части — Орда шести улусов, Малая орда и Большая орда.

В начале XVII века ногайцы были разбиты калмыками, захватившими районы Волги и Яика. Ногайцы были вынуждены переселиться в Крым. А каракалпаки, вошедшие в состав Орды шести улусов, ушли в Приаралье, на берега Сырдарьи и обосновались там.

В общественной жизни каракалпаков важная роль отводилась бекам и батырам (военачальникам). Беки были руководителями каракалпакских родов, они решали проблемы, связанные с правом, хозяйством. Беки также в отношениях с соседними народами выступали в качестве представителей своего рода или племени. В XVI—XVII веках каракалпаки были подчинены или бухарскому хану, или казахским ханам.

К началу XVIII века каракалпаки, живущие на берегах Сырдарьи, стремились к объединению. Центром был такой древний город, как Сигнак. Важную роль в объединении каракалпаков играли Кучукхан, султан Табурчак, султан Чаиб. В результате присырдарьинские каракалпаки под предводительством Эшмухаммада (Эчкимхана) объединились в Каракалпакское ханство. Границы этого государства проходили по верхнему течению Сырдарьи. Государство соседствовало также с калмыками Поволжья, ханствами Башкирский улус и казахским Малым жузом.

В 1723 году, когда калмыки захватили среднюю часть Сырдарьи, каракалпаки вновь были вынуждены бежать. Бежавшие каракалпаки разделились на две группы. Первая группа ушла к верхнему течению Сырдарьи, в сторону Ташкента, вторая группа обосновалась по нижнему течению Сырдарьи.

Таким образом, каракалпаки разделились на «верхних» и «нижних» каракалпаков. Нижние каракалпаки обосновались на свободных землях между Сырдарьей и Амударьей и занимались здесь земледелием, орошая их водами из Кувандарьи.