Закрепившись основательно в Мавераннахре, Мухаммад Шейбанихан теперь приступил к захвату Хорезма. В 1505 году под натиском войск Шейбанидов после шестимесячной осады первым пал город Ургенч. А в 1507 году он предпринял военный поход в Хорасан.

В последние годы в государстве Темуридов усилились междоусобные войны, внутренний политический кризис достиг своего пика. И все эти факторы вкупе стали причиной ослабления центральной власти, экономики страны.

Завоевать изнуренный Хорасан не составило особого труда Шейбанихану. Войско Герата было разбито, а город - беспощадно разграблен. Таким образом, Герат навсегда потерял свое значение как экономического, политического и культурного центра.

С завоеванием Хорасана Шейбанихан объединил всю Среднюю Азию вокруг Самарканда как единого культурного и политического центра региона. Так, в 1500-1509 годах образовалось государство Шейбанидов, включавшее в себя весь Мавераннахр, Хорезм и Хорасан. Иными словами, во второй половине XV века ему удалось осуществить огромную политическую задачу, с которой никак не могли справиться царевичи-темуриды.

С этого момента в истории государственности Средней Азии начался период правления династии Шейбанидов.