После смерти правителя Хорасана в 1447 году развернулась борьба за власть. В результате государство Хорасан рас­палось на одиннадцать владении, каждое из которых ­претендовало на статус независимого государства. В 1469 году на трон Хорасана взошел внук Умаршейха, второго сына Амира Темура - султан Хусейн Байкара. Почти 40 лет правил он государством, в течение которых политическая обстановка в стране хотя и не стабилизировалась полностью, но все же достигла определенных высот в развитии быта и хозяйства, а также в культурной жизни народов Хорасана. Наблюдалась и политическая стабильность этого периода. Важную роль в этих положительных моментах сыграл политический потенциал Хусейна Байкары как правителя. Немаловажное значение имеют и усилия визиря Алишера Навои как великого гуманиста и мудрого наставника, который оказал благотворное влияние на управление государством.

В 1506 году умер султан Ху­сейн Байкара, после чего последовало двоевластие в стране. Двое сыновей наследников султана (Бадиаз-заман и Музаффар Хусейн-мирза) одновременно были объявлены правителями, что послужило причиной полного рас­пада Хорасана и без того изнуренного междоусобными война­ми. В результате этого накануне нашествия Шейбанидов государство оказалось в тисках жесточайшего политического кризиса.

После гибели Мирзы Улугбека в 1449 году от рук собственного сына в Мавераннахре началась жестокая борьба за власть. Одержал победу в этой борьбе внук Мираншаха - Абу Саид ибн Султан Мухаммад и овладел троном Мавераннахра (1451-1469).

Он погиб в сражениях в 1469 году и власть перешла в руки двух его сыновей: Султана Ахмада (1469) и Султана Махмуда (1494-1495). Далее правили его внуки Байсункур-мирза (1495-1497) и Султан Али-мирза (1498-1500). Таким образом, к концу эпохи правления Темуридов страну постиг глубокий политический кризис, явившийся результатом изнурительных междоусобиц.

В канун XVI века на арену политической борьбы за Темуридов выходит молодой Захириддин Мухаммад Бабур.