В конце XIX — начале XX вв. в Туркестанском крае некоторых успехов добилась историческая наука. Джадиды меняли содержание и идейную направленность исторических исследований. С них начинается изучение народной истории, в которой вместо описания истории, как смены ханов и правителей, подлинным творцом истории представлен народ.

На страницах газеты “Туркистон вилоятининг газетаси” ее главный редактор Мулла Алим Махмуд Ходжи дал полный обзор истории Туркестана (“Тарихи Туркистон”). Это была первая научная работа по истории, вышедшая на узбекском языке и излагавшая светскую хронику событий в Туркестанском крае с древнейших времен. Джадиды считали историю одной из самых важных наук для воспитания в Туркестанском крае грамотных и совершенных людей.

В 1895 г. был создан кружок любителей археологии, участники которого описывали и изучали памятники древности по письменным источникам, занимались поиском и описанием отдельных археологических объектов, хотя раскопки производились редко.

Большое значение в развитии науки и культуры в Средней Азии имело создание в Ташкенте в 1870 г. Туркестанской публичной библиотеки. При открытии в ней насчитывалось всего 1700 книг, а к 1917 г. их число достигло 80 тысяч. Все они были связаны с историей, природой, этнографией Туркестанского края.

Уже в 80-х гг. XIX в. в Туркестанском крае образуется целый ряд научных исторических обществ, в деятельности которых принимает участие интеллигенция из коренного населения. Среди них особо выделяются: житель Самарканда Мирза Абдуллин, собравший большую археолого-нумизматическую коллекцию, художник-каллиграфист Мулла Касымов, который зарисовал многочисленные памятники древности Самарканда. Житель Ташкента Акрам-Палван Аскаров был незаменимым помощником востоковеда Н.И. Веселовского. Он собрал огромную коллекцию древностей, одних только монет в его коллекции было более 15 тысяч. В Бухаре коллекционер Мухаммед Вефа имел большую этнографическую коллекцию: старинные ковры, паласы, предметы быта, а также рукописи.

Обстановка для сколько-нибудь широкой организации научно-исследовательской и краеведческой работы в условиях колониального Туркестанского края была неблагоприятной. Туркестанский край был отдан на откуп колониальной администрации, которая, в лучшем случае, была равнодушна к деятельности научных обществ. Тем более велики заслуги ученых, которые смогли осуществить разностороннее изучение истории Туркестанского края. Это были высокообразованные, трудолюбивые, прогрессивно настроенные люди. Представители передовой культуры и науки России бескорыстно и самоотверженно работали среди узбекского, таджикского, киргизского и каракалпакского народов, пытаясь облегчить их участь, стремясь распространить среди них современные знания, укрепляя дружбу народов. Их труды заложили прочный фундамент научного изучения края и их имена навсегда останутся в исторической летописи Узбекистана.

Автором более 700 научно-краеведческих работ о Средней Азии, среди которых “Полжизни в Туркестане”, был Лыкошин Нил Сергеевич (1860—1922 гг.) — тюрколог, переводчик. Он перевел на русский язык “Тарих-и Наршахи”— труд среднеазиатского историка Абу Бекра Наршахи (899—959 гг.), повествующий об истории Бухары.

Одним из первых зачинателей научно-краеведческой работы был Маев Николай Александрович (1835—1896 гг.). С 1869 г. начинается его деятельность в Средней Азии, основанная на глубоком интересе к истории и культуре края. Со времени основания в 1870 г. первой среднеазиатской газеты “Туркестанские ведомости”, официального органа краевой администрации, и по 1892 г. Н. А. Маев являлся ее бессменным редактором. Благодаря ему в газете уделялось большое внимание краеведческим темам. В ней публиковали свои материалы местные исследователи истории и столичные востоковеды. Эта традиция сохранялась пока существовала газета. С его именем связано создание и становление Туркестанского музея — первого музея в Средней Азии, послужившего основой для нынешних музеев истории и музея природы. Он также внес определенный вклад в создание публичной библиотеки в Ташкенте и налаживание ее работы. С годами библиотека со скромным книжным собранием превратилась в Национальную библиотеку Узбекистана имени А. Навои.

Первым из ученых-специалистов, осуществивших археологические раскопки древних поселений на территории Средней Азии, был Веселовский Николай Иванович (1848—1918 гг.) — востоковед, археолог. В 1885 г. он вел раскопки развалин древнего Самарканда — Афросиаба, при этом было обнаружено множество различных предметов древности, в том числе глиняные черепки с изображением людей и животных, глиняные и кирпичные стены домов, колодцы, общественные хранилища воды (хаузы), водоотводные сооружения. В 1895 г. он продолжил эти раскопки на Афросиабе. С именем Н.И.Веселовского связано и проведение первых научных описании выдающихся историко-архитектурных памятников Самарканда. В 1895 г. он возглавил экспедицию ученых, архитекторов, художников, которая изготовила чертежи и рисунки мечети Биби-Ханым и мавзолея Гур-Эмир. По материалам этой экспедиции был создан многокрасочный альбом, посвященный мавзолею Гур-Эмир. Н.И. Веселовский — автор многих работ, в том числе “Памятник Ходжи-Ахрара в Самарканде”, “Мечеть Биби-Ханым”. “Еще об оссуариях”, “Рамазан в Самарканде”, “Курбан-байрам в Бухаре” и др.

Человеком удивительной судьбы является тюрколог Наливкин Владимир Петрович (1852—1918 гг.). Он родился в Калуге, а с 1873 г. жил в Туркестанском крае. Несколько лет прожил с семьей в кишлаке Нанай Ферганской области, изучил узбекский, таджикский и арабский языки. Им созданы труды по этнографии и истории Туркестанского края, исламоведению, пособия по изучению узбекского и персидского языков, составлены русско-узбекские и узбекско-русские словари. Подготовлены и изданы “Хрестоматия для Туркестанской учительской семинарии”, “Руководство к практическому изучению узбекского языка”, “Краткая истории Кокандского ханства”.

Автором многих научных работ по истории культуры народов Средней Азии, в том числе “Туркестан в эпоху монгольского нашествия”, “Народное движение в Самарканде в 1365 г.”, “Культура мусульманства”, “К истории орошения Туркестана”, “Улугбек и его время”, “История культурной жизни Туркестана”, является всемирно известный востоковед Бартольд Василий Владимирович (1869—1930 гг.). Первая его научная поездка в Среднюю Азию состоялась в 1893 г. Впоследствии он читал лекции на историко-филологическом факультете Туркестанского университета, в подготовке открытия которого принимал активное участие. Для истории средневековой Средней Азии выдающееся значение продолжает сохранять непревзойденный до сих пор фундаментальный труд “Туркестан в эпоху монгольского нашествия”. Имя В.В. Бартольда высечено среди 33 мыслителей Востока на здании института востоковедения АН Республики Узбекистан.

Востоковед и тюрколог Маллицкий Николай Гурьевич (1873—1947 гг.) с 1895 г. жил в Ташкенте. Он обладал энциклопедическими знаниями по истории Ташкента, которому посвятил большинство своих работ, в том числе “Несколько страниц из истории Ташкента за последнее столетие”, “Страницы из истории Ташкента в XVII столетии”, “К истории Ташкента под Кокандским владычеством”, “Город Ташкент. Несколько цифр”, “Ташкент. Исторический очерк”, “Ташкентские махалли”.

Перу известного востоковеда Семенова Александра Александровича (1873— 1958 гг.) принадлежат исследования творчества Беруни, Ибн Сино, труды “Письменность, существовавшая на территории Средней Азии”, “Описание персидских, арабских и турецких рукописей фундаментальной библиотеки Среднеазиатского государственного университета”, “К истории узбекской классической музыки”. Ему принадлежит заслуга в составлении последних 48 томов уникального “Туркестанского сборника”.

Востоковед, археолог, литератор Вяткин Василий Лаврентьевич (1869—1932 гг.) с 1880 г. жил и работал в Самарканде. Он вел длительные поиски в Самарканде местонахождения обсерватории Улугбека и в результате археологических раскопок в 1908 г. обнаружил остатки здания обсерватории. Участвовал и руководил раскопками городища Афросиаб до 1930 г. Собрал и опубликовал ряд народных легенд о прошлом Самарканда и о его памятниках, в том числе “Как арабы овладели Самаркандом” (1896 г.), “Шахи-Зинда” (1897 г.), “Чупан-ата” (1897 г.) и др. В.JI.Вяткин также является автором научно-исследовательской работы “Городище Афросиаб” (1927 г.), автором “Учебника узбекского языка для русских школ” (1918 г.), “Учебника русского языка” (1918 г.), “Книги для. чтения” (1918 г.).