Рост популярности джадидских школ встревожил колониальную администрацию.
Официальные власти увидели в них огромную опасность для колониальных порядков.
Джадидов стали открыто преследовать, обвиняя их в разжигании и пропаганде
сепаратистских устремлений.
Граф и сенатор Константин Пален, который в 1908 г. инспектировал работу
Туркестанского генерал-губернаторства, писал в своем отчете: “Новометодные
школы заслуживают самого серьезного внимания. Реформисты мусульманской жизни
даже стремятся захватить в свои руки регулярные школы. Они планируют создать
сильное, просвещенное движение борцов за реформистские идеалы”.
Новометодные школы подвергались критике в печати. Колониальные власти ввели
запрет на использование в школах иностранной, тюркской и персидской литературы.
Ввели цензуру на местные издания учебной литературы. Царские власти рассчитывали
сначала ограничить деятельность этих школ, а затем и вовсе их закрыть.
В 1911 г. колониальные власти закрыли 50 новометодных школ, а в остальных
ввели как обязательный предмет преподавание русского языка. В 1913 г. в
Бухарском эмирате были закрыты все новометодные школы. Разрешение на открытие
новых школ не выдавалось.