Ведущей отраслью сельского хозяйства оставалось производство зерна, выращивался рис, пользовавшийся спросом во всей Средней Азии, а также джугара и просо. С 90-х гг. XIX в., по мере развития торговых отношений с Россией, на первое место выходило хлопководство.

Большая часть земли в ханстве принадлежала хану и его чиновникам. Не имея денег для оплаты жалованья чиновникам и своему ближайшему окружению, хивинские ханы раздавали государственные земли. Вся земля ханства делилась на две части — ахъя (орошаемые земли) и адра (неорошаемые). Существовали такие формы землевладения, как амляк (государственные земли), мулък (частные) и вакуф (земли мечетей и медресе). Земли, принадлежавшие родственникам хана и чиновникам, не облагались налогами.

Огромные земельные участки находились в распоряжении религиозных учреждений. 40% всех орошаемых земель в ханстве были во владении мечетей. Например, 64 мечети и медресе в конце XIX в. имели свыше 205 тыс. танапов земли. Ханы с уважением относились к духовным лицам. Многие из них освобождались от налогов и податей. В конце XIX в. около 4 тыс. духовных семейств были освобождены от всех податей.