Младобухарцы, оставшиеся на свободе, вынуждены были бежать в Новую Бухару
(Каган), Чарджуй, Керки и Термез, где продолжили агитацию за осуществление
реформ в стране. Абдурауф Фитрат переработал программу младобухарцев, оставив
неизменным решение осуществить реформы мирным путем. Младобухарцы во главе с
Файзуллой Ходжаевым продолжали вести активную пропаганду своих идей, издавая
газету “Учкун” (“Искра”) и журнал “Тонг” (“Заря”).
1 марта 1918 г. в Новую Бухару прибывает эшелон Красной армии и готовится к
захвату столицы эмирата. Младобухарцы попытались их остановить, обратившись с
ультимативным требованием к эмиру с проведении реформ. Но 2 марта началось
наступление, которое вскоре было остановлено из-за сильного сопротивления армии
эмира. 25 марта было заключено Кызылтепинское соглашение о перемирии.
29 августа 1920 г. начинается восстание населения против власти эмира в
Чарджуе. В городе был образован революционный комитет, который объявил о
свержении старой власти и установлении власти народа. Чарджуйский ревком
обратился за помощью к Красной армии. На свержение власти эмира была направлена
семитысячная армия, имевшая 46 современных орудий, 10 бронеавтомобилей и 12
аэропланов. Им противостояла четырехтысячная армия эмира, вооруженная кремневыми
ружьями, шашками, саблями и старыми фитильными орудиями. В этих условиях
бухарская армия не могла оказать серьезного сопротивления и Красная армия
захватила Старый Чарджуй, Карши, Китаб, Шахрисабз и подошла к Бухаре. Четверо
суток продолжалось сражение за столицу эмирата и 2 сентября войска Красной армии
вступили в город. Древняя Бухара была в огне и развалинах. Особенно пострадал
Арк, более десяти снарядов попало в минарет Калян. Самого эмира в городе не
оказалось. Незадолго до захвата города он тайно покинул его и перебрался сначала
в Восточную Бухару, а затем в Афганистан.
6 октября 1920 г. на I Всебухарском курултае народных представителей было
провозглашено об образовании Бухарской народной советской республики. Первое
правительство — Совет народных назиров — возглавил Файзулла Ходжаев.
