Эмир Музаффар вынужден был признать поражение и подписать предложенный Кауфманом договор о новых границах между эмиратом и Туркестанским генерал-губернаторством. 28 июня 1868 г. в ставке генерала Кауфмана в Самарканде эмир подписал договор, который превращал Бухарский эмират в протекторат* Российской империи. Согласно договору эмир признавал себя виновным в развязывании войны и обязывался в знак “вечной” дружбы уплатить 500 тыс. рублей в качестве возмещения военных расходов царским войскам. В соответствии с договором вся завоеванная царскими войсками территория от Чиназа до Зирабулака с городами Ходжентом, Ура-Тюбе, Джизаком, Самаркандом и Каттакурганом были присоединены к территории Российской империи.

На этих территориях образовали в 1868 г. Зарафшанский округ с двумя отделами: Самаркандским и Каттакурганским. Главой округа и руководителем военно-народной администрации был назначен А. Абрамов, произведенный в генерал-майоры.

Оставив в его распоряжении 4 батальона пехоты, генерал-губернатор К. Кауфман с остальными войсками направился к Ташкенту. Над остальными территориями эмир сохранял свою власть, но обязан был выполнять указания Туркестанского генерал-губернатора. Эмир обязался предоставлять купцам из России свободную торговлю по всему эмирату, брал на себя ответственность за их защиту, разрешал торговцам учреждать торговые агентства во всех пунктах государства, при этом пошлина с товаров не должна была превышать 2,5 процента от их общей стоимости. Торговавшие купцы из России получали право свободного проезда через земли эмирата в любое другое государство.

Это был грабительский договор, в результате которого Зарафшанская долина длиной в 877 км попадала под контроль Российской империи. Главная водная артерия — р. Зарафшан, орошавшая территорию в 12 тыс. км, являлась зерновой житницей Бухары и всего государства.

Эмир лишился также доходов с двух крупных городов государства — Самарканда и Джизака. В обмен на эту уступку эмир Музаффар сохранил свой трон.

Джурабек и Бобобек продолжили борьбу за освобождение Самарканда. Они объявили о смещении с трона эмира Музаффара и назначении эмиром его старшего сына — Абдумалика-туры. Вначале они захватили Шахрисабз, а затем города Карши и Карману. Генерал Кауфман отправил на подавление очагов сопротивления генерал-майора Абрамова. В пригороде Карши завязался жестокий бой. Джурабек и Бобобек попали в плен. Сын эмира Абдумалик под ударами превосходящих сил отступил к Шахрасабзу, а затем к Хиве. Оттуда с остатками войска он перебирается в Афганистан, а затем в Пешавар (Индия).

Захватом Самарканда и превращением Бухарского эмирата в протекторат Российской империи завершается второй этап колониальной войны Российской империи в Средней Азии.

* Протекторат - одна из форм колониальной зависимости, при которой зависимое государство сохраняет лишь некоторую самостоятельность во внутренних делах, а его внешние отношения и оборону осуществляет по своему усмотрению подчинившее его государство.