Заняв Ташкент, стало возможным осуществление главной задачи, состоящей в том, чтобы отрезать Бухарский эмират и Кокандское ханство, вклинив между ними территории, находящиеся под контролем властей Российской империи.

М. Черняева отозвали в Санкт-Петербург, а на его место прибыл генерал Романовский. Новый командующий доложил военному ведомству о том, что эмир Бухары Музаффар готовится к войне против России. Получив согласие на продолжение наступательных действий, он начинает завоевание территорий, расположенных по верхнему течению р. Сырдарьи. Первое сражение произошло 8 мая 1866 г. у города Ирджара. Плохо оснащенное, не имеющее артиллерии войско эмира потерпело поражение. Эмир Музаффар отступил с оставшимся войском, оставив на произвол судьбы весь сырдарьинский регион.

Генерал Романовский не стал преследовать бухарские войска, а направился на г.Ходжент, который находился между Кокандом и Бухарой и был их основным союзником. Из Ходжента шли прямые дороги на Ташкент, Коканд, Балх и Бухару. 17 мая 1866 г. крепость Ходжента была осаждена и началось сражение. Целый день город подвергался массированному обстрелу из 20 пушек, а с рассветом царские войска пошли на штурм. Атака была отбита, и обстрел города снова возобновился. Он продолжался два дня. Затем царские войска вновь начали штурм Ходжента и снова встретили ожесточенное сопротивление. Защитники города отстаивали каждый дом, устраивали баррикады, ставя за ними орудия. Из каждого дома стрелки обстреливали царские войска. Однако к ночи 24 мая 1866 г. сопротивление защитников Ходжента было сломлено, и перестрелка утихла. Погибло более 2500 человек. В источниках нет точных сведений, сколько людей погибло с той и с другой стороны.