С 1756 г. Бухарское ханство стало называться эмиратом. В середине XIX в. граница Бухарского эмирата проходила вдоль территории Ирана, Хивинского ханства и казахских жузов. Бухарский эмират занимал территорию общей площадью более 200 тыс. км². Центром эмирата была Зарафшанская долина с такими крупными городами, как: Самарканд, Бухара, Пенджикент, Ура-Тюбе, Карши, и др. Во главе Бухарского эмирата с 1826 по 1860 г. стоял эмир Насрулла, а с 1860 по 1885 г. — эмир Музаффар. Резиденция эмира находилась в Арке. Эмир обладал неограниченной властью. Бухарский эмират состоял из вилоятов и туменов, во главе которых стояли беки, назначаемые эмиром. Столицей и столичным вилоятом управлял бош кушбеги (верховный визирь). Эмир управлял государством, опираясь на административные, финансовые, военные и судебные учреждения. Диванбеги являлся управляющим канцелярии эмира и был ответственным за расходование казны и сбор налогов, а также за финансовые дела и развитие экономики в государстве. Ему подчинялся мирзабоши, который отвечал за внешние экономические связи и за написание истории эмирата.

Высшим государственным чиновником Бухары был кушбеги. За своевременный сбор и учет налогов отвечал мушриф. Жалобы от населения принимал дадхо. Парваначи объявлял указы эмира. За соблюдением законов и осуществлением правосудия отвечал шейх-уль-ислам. Ему подчинялись муфтии и мухтасибы. Муфтий, как знаток шариата, давал разъяснения по религиозно-правовым вопросам в виде фетвы (решения), а мухтасибы следили за соблюдением мусульманами норм и законов шариата. Главным судьей в государстве был кази-калян, а судьей города - раис-калян. Вакуфным имуществом руководил садр. Воспитание несовершеннолетних наследников престола поручалось аталыку (в переводе — “заменяющий отца”). Миршаббоши (главный полицмейстер) отвечал за порядок в городе. Он также являлся начальником ночной стражи и охраны эмира. Большую роль в государстве играл кукалдош, заведовавший учреждением тайной полиции, где собирались сведения, касающиеся ближайшего окружения эмира.

Высшее духовенство (улемы, садры, сейиды, ходжи) пользовалось большим авторитетом у населения, особенно сейиды, которые, как считалось, происходили от родственников пророка Мухаммада, а также ходжи, происходившие от первых четырех преемников Мухаммада. Главной обязанностью садров было управление вакуфным имуществом.